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风险一：初始投资成本是否能全部扣除的风险。
自然人用非现金资产投资，根据个人所得税法相关规定，如果个人资产评估增值后投资应在投资时即征收个人所得税。如果在投资环节未缴纳个人所得税，税务机关将按照规定追缴税款。同时，计税成本为评估增值纳税后的价值。
提醒：自然人股东转让股权时，要注意用非现金资产投资时，在投资环节是否缴纳了个人所得税。
风险二：扣除追加投资成本时被追查是否涉税的风险。
自然人的股权很多情况下不是一次投资，而是累计多次投资形成的。有多种增资形式会涉税，例如被投资企业用评估增值的资产增资、盈余积累转增资本等，如果在增资环节未纳税，在转让环节会有被税务机关追查并要求补缴税款的风险。
例如，A公司注册资本2000万元，甲、乙两自然人分别持有该公司80%和20%股权，甲欲将持有的股权全部转让给丙，A公司在甲转让股权前曾以其土地使用权评估增值1200万元进行增资，如果在增资时未代扣代缴税款，在甲转让股权时，税务机关会认定：甲应先行补缴个人所得税192万元(1200×80%×20%)，然后才能确认其股权转让的计税成本2560万元(2000×80%+1200×80%)。
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