（一）社会保障立法的相对滞后，法律法规体系的不健全，导致审计定性、评价难，审计决定落实难。随着社会保障制度不断完善，社会保障的范围不断扩大，各种保障险种陆续出台，而与之相配套法律法规制定滞后，不利于基金规范管理。由此给审计的实施和判断也带来了一定的难度，审计工作人员在了解大量的政策法规的同时，还要分析相关政策法规的一致性和衔接性，从而做出相应的判断。另外，社会保障方面的政策法规大多是程序法，而不是实体法，对违反法规的处理没有明确规定，审计处理依据不明确。
　　由于法律法规的滞后，在审计中存在合情合理而不合法的现象，给审计决定的落实带来了一定的难度。比如，在某专项基金审计过程中发现，此项基金存放在农村信用合作联社，对基金的安全不会有太大的影响，同时又更便于服务农民。然而相关法律法规严格规定，必须将基金存放在四大国有商业银行，这就造成了合情合理与合法之间的矛盾，相关的审计决定落实起来也就有很大难度。
　　（二）社会保障基金种类多、涉及面广的特点，加剧了审计力量与工作量之间的矛盾。社会保障基金几乎覆盖于整个社会的方方面面，具有种类多、覆盖面广的特点。从种类上看：包括养老、失业、医疗、工伤、生育等社会保险基金，救济、救灾、扶贫等社会救济基金，发展社会福利事业的社会福利基金，住房公积金、廉租住房资金，法律、法规和规章规定的其他社会保障资金等：从收支渠道看，其资金来源有各级财政拨款、单位及个人缴纳、社会捐助、基金存入银行利息收入、结余基金购买国库券利息收入、滞缴罚款收入、调剂收入、补助收入、赞助收入等，从支出的范围上看，有养老、医疗、工伤、生育、失业、下岗、低保、救灾、扶贫、助残、退伍、福利院、五保户和贫困户临时救济等：另外，还有政策性极强、管理和经办机构多等特点。社会保障基金的这些特点，在加大审计工作量同时，也使得审计人员在有些行业是无法涉足的，例如在医疗保险基金审计中，医院的延伸审计调查只能停留在表面，对于药品是否滥用、是否存在挂床现象等均无法深入调查，这也无形增加了审计风险。
　　（三）计算机辅助审计等先进的审计手段运用不足，制约了社会保障基金审计的效率和质量。近年来，国家大力实施“金保工程”，计算机辅助管理系统在社保基金的管理中逐渐普及，发挥了重要作用。审计部门在开展计算机辅助审计方面，虽然也进行了一些尝试和探索，取得了一些经验。但是，局限于硬件与软件的不足，审计部门特别是广大的基层审计部门在开展社会保险审过程中，不能充分利用计算机便利开展审计，尤其是软件开发不足等问题(在审计实践中曾出现社保专项基金业务审计软件无法容纳基金数据库的现象)的存在，导致社会保障基金计算机辅助审计无法正常开展，影响了审计的效率和质量。

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