3月29日，分层将在5月初正式实施，目前先分两层——基础层和创新层。在实行过程中，对待分层要客观理性，在实际操作中若发现违法违规将立即会被处罚，因此通过技术调整来达到分层要求的手法行不通。
申万宏源认为，高度分化是新三板的常态，分层将强化分化，分化不仅在层次之间，也在层次内部。创新层整体相对基础层会有溢价，但因为分层是动态调整的，所以一方面创新层不会鸡犬升天；另一方面基础层优质标的投资价值会凸显。“缩容”效果下，创新层有望逐渐呈现出二级市场特征，二级市场机会将增多，与A股联动性会增强，但不会成为A股二级市场。基础层将继续对B轮及之后的替代，加速VC/PE的私募市场公开化进程，承担创业孵化器功能。两个层次对应多元化公司和多元化投资者，以及差异化政策，投资策略不同，但总体上新三板的投资属性仍将远远强于交易属性。
华泰证券认为，分层利于优中选优，差异化分层给予投资者更好导向。实施内部分层，现阶段先分为基础层、创新层，日后逐步完善层次体系。通过不同分层导向进一步激活市场，差异化分层利于优胜劣汰，赋予好企业晋升机制。
分层标准提供了市场化进入和退出的弹性机制。细则将于2016年5月正式实施，为挂牌公司预留一定的时间窗口，优化公司财务和运营体系。和创业板2年累计净利润不低于1000万的标准相比，创新层作为独立主体的市场定位显得更高一筹，为新三板标的转板做了充分衔接，也为创业板贡献出了优质标的池。