增值税审计中出现的问题及其原因如下所示：
在日常的增值税审计中，我国现行增值税存在着一些不容忽视的问题。如增值税的转型问题、抵扣机制及小规模纳税等问题都需要认真研究。
(一)现行增值税抵扣机制存在的问题及原因
1.我国现行增值税抵扣机制存在的问题
(1)“高征低扣”、“有征无扣”等导致增值税链条脱节和税负转移。增值税的征税方式从原理上说是链条式的，只要其中一个环节征税或扣税不足，就会导致抵扣机制的脱节，税负就会在不同环节间发生转移。从我国现行增值税制实施情况看，抵扣链条脱节和税负转移现象主要表现在：首先，一般纳税人向小规模纳税人购进货物，要么不能取得增值税专用发票，得不到税款抵扣，要么只能取得由税务机关代开的增值税专用发票，可抵扣6%或4%的进项税额。这类一般纳税人即使在所经营产品无增值的情况下，也必须按不含税价计算17%或13%的销项税额，而其应当抵扣的进项税额只有6%或4%。这样，增值税链条以前环节的税负有11%或13%转由本环节负担。其次，一般纳税人购进免税的农产品，按买价的10%计算进项税额，外购、销售货物所支付的运输费用，按运输费用的7%计算进项税额，收购废旧物资不能取得增值税专用发票的，按收购支付金额的10%计算进项税额。这样，增值税链条以前环节的税负有一部分由本环节负担。
(2)阻碍小规模纳税人发展。我国经济仍不发达，大多数属于小规模纳税人。小规模纳税人对一般纳税人销售货物或提供应税劳务，只能由税务机关代开征收率为6%或4%的增值税专用发票，而一般纳税人适用的增值税税率为17%和13%。显然，在销售货物或提供劳务同质同价的条件下，一般纳税人从小规模纳税人处购进货物或劳务比从一般纳税人处购进货物或劳务，进项税额少抵扣。因此，在一般情况下，一般纳税人不会向小规模纳税人购进货物，小规模企业与一般纳税人相比明显处于不利地位，缺乏市场竞争力，不得不采取折扣或让利等方式跟一般纳税人交易。由此可见，现行增值税的抵扣机制已成为中小企业发展的障碍之一。
(3)税款抵扣范围不规范。一方面，由于小规模纳税人的存在和普通销货发票的使用，使得购进属于增值税应税范围的项目不能全部得到税款抵扣；另一方面，对运输费用计算扣税的规定等又使得不属于增值税应税范围的项目纳入了增值税的抵扣范围。这使增值税抵扣机制变得混乱，加大了增值税进项税额管理的难度。
2.现行增值税抵扣机制存在问题的原因分析
(1)征税对象范围窄，是导致增值税链条脱节的重要原因。规范增值税的征税对象范围应该覆盖到几乎是所有货物和劳务，而我国目前的增值税仅是对有形动产和加工、修理修配劳务征税，致使纳税人很多购进项目不属于增值税的征税范围，从而也不能得到增值税进项税额的抵扣，人为地割断了增值税的抵扣链条。为了弥补这一缺陷，又规定对纳税人购进某些不属于增值税征税范围的劳务项目可以计算扣税，这种抵扣机制在某种程度上又很容易被某些有意偷逃税收的纳税人利用，加大了增值税管理的难度。
(2)增值税税率和抵扣率多样化，极易造成税负转移。目前增值税的税率根据纳税人的不同，有税率和征收率两种设计，税率有17%、13%、0%三档，征收率有6%和4%两档。其设计不够规范，仍保留有1994年税制改革的产品税和增值税的特征。增值税的抵扣率也呈多样化，有17%、13%、6%、4%、10%、7%等。增值税无论是按增值额计税，还是实行税款抵扣制，多样化的税率和抵扣率必然会造成不同环节间的税负转移。
(3)生产型增值税利少弊多，影响经济结构的有效调整。增值税按税基的价格构成不同，可以分为生产型、收入型和消费型三种类型。在税率不变的情况下，从财政收入效果看，生产型税基最宽，收入最多；消费型税基最窄，收入最少。采用生产型增值税的国家多是为了保证财政收入和发挥人力资源丰富的优势，同时也是为了抑制投资。这也是我国增值税从试点以来一直选择生产型增值税的原因所在。但是，从经济长远发展的角度来看，特别是在当前我国经济正处在向社会主义市场经济转轨的关键时刻，经济全球化的迅猛发展和我国宏观经济呈现的通货紧缩现象都要求国家采取更加积极的财政政策和税收政策，鼓励投资，扩大内需，积极推动商品出口，保证经济发展，从而决定了我国的现行税制特别是增值税制，必须作出相应的调整，改生产型为消费型，以适应经济形势发展的需要。
(二)我国小规模纳税人执行中出现的问题及原因
当前我国对小规模纳税人的界定总的来说是按照年销售额作为标准的。小规模纳税人购进货物支付的增值税不允许抵扣，同时不能使用增值税专用发票。不管实际征管中执行政策产生了多大偏差，也不管小规模纳税人出于对自身利益的维护采取了多少违反规定的做法，仅就政策本身而言，增值税的公平性在小规模纳税人身上被明显扭曲。
1.重复征税的矛盾十分突出
由于小规模纳税人购进货物所支付的增值税是不能抵扣的，即使其销售货物时按照6%和4%的征收转嫁了一部分税负，其自身仍要承担11%—13%的税负。重复征税的程度因不同情况而不同。
2.由于不能使用增值税专用发票，使小规模纳税人的生产经营受到双重影响
一种影响是，购进货物不能取得专用发票，进项税金不能抵扣，使其进货成本增加；另一种影响是销售货物不能开具专用发票，使其在激烈的市场竞争中与一般纳税人相比处于极不利地位。以某经营计算机的小规模纳税人为例，其购买计算机的价格为每台4 700元，支付增值税799元，即使按成本价销售，还要承担188元的增值税，这部分税金购货方不能抵扣。而一般纳税人按相同的每台4 700元进货，按4 800元销售，其应纳增值税为17元。销项税金816元购货方可全部抵扣。毫无疑问，经销商肯定愿意从能够开具专用发票的一般纳税人处购买货物。而小规模纳税人即使降低价格至进货价销售，也不能与一般纳税人竞争。由于税收政策存在歧视性，使小规模纳税人的经营受到极为不利的影响。
3.小规模纳税人与一般纳税人的比例值得探讨
四川省—般纳税人的比例在1996年为10%，以后逐年下降，转折性的下降出现在1998年商业—般纳税人的较大规模的划转。这次划转导致的后果是一般纳税人比例越来越小，1999年这一比例已降至5.7%。我们担心，如果对小规模纳税人的增值税政策仍不作调整，随着这部分纳税人的不断增加，会使得前述矛盾更加突出，进一步带来就业、下岗工人安置等其他方面的负面影响，使增值税政策问题转化成影响社会稳定的因素之一。
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