中小企业合理避税存在问题及其成因分析如下所示：
（1）中小企业会计信息质量不高，会计人员核算水平不高，纳税依据虚假
中小企业的财务人员税收筹划资质不足，业务素质低和财务系统化核算能力欠缺，不能及时准确进行税收筹划，导致纳税申报失真等现象严重。纳税人通过玩弄数字游戏，刻意地虚报少报收入，不切实际的摊销费用，增加支出等方法，掩盖财务信息的真实性，以求少缴纳税收。企业在没有真正解决相关人员就业的情况下，盲目地利用税收优惠政策进行少缴税等。
（2）忽视合理避税的风险管理，增加税务成本
随着宏观经济环境的不断变化，而合理避税又发生在应税行为之前，这给中小企业带来诸多不确定的因素，使纳税筹划变得尤为棘手，处理不当，会冲击企业的生产经营活动，给企业造成不利的影响。像纳税相关政策重点调整，给中小企业的税收筹划带来隐患；加上纳税人对税收政策的了解不透彻理解不准确、不全面，和未树立合理避税中的风险管理意识，也会影响中小企业合理避税的有效性，不自觉的增加了税务成本。
（3）片面追求短期利益，忽视企业的长远利益
短期利益是长期利益的前提条件，长期利益是短期利益的有机结合，也是实现预期短期利益的依托，更是短期利益的长期目标。中小企业应该兼顾短期利益和长期利益的取舍。短期利益相当于企业的品质，长期利益就相当于企业的品牌。我国企业引入合理避税时间较短，较之于西方国家税务意识相对薄弱。尤其是中小企业更加明显，往往不是特别重视法律政策，对合理避税的实质不透彻，片面的追求企业当前利益，忽视企业的长远利益，使得合理避税在企业纳税中出现瓶颈问题，停滞不前。
（4）税务代理机构不完善，迟滞税务筹划的发展
税务代理机构一般规模小。由于税务代理起步较晚，缺乏税务筹划师、税务精算师等，中小企业的纳税筹划多是由财务人员兼办，综合素质达不到税务筹划的要求，税务代理机构从业人员整体素质有待提高，、税务代理机构市场大，但是自身的业务领域狭小，服务层次低，效率低，很难真正满足市场的需要。延缓了中小企业合理避税专业化的进程。
我国《税收征收管理法》确立了税务代理的合法性，同时确立了税务代理的法律规范和操作办法，但是具有权威性、完整性和严肃性的税务代理法尚未出台，如何开展税务代理，在具体实行上，各地没有统一的模式，都处于试行状态。给税务代理业的可持续发展带来不良影响。