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（一）土地征用及拆迁补偿费差异
一是企业所得税中的土地征用及拆迁补偿费中包含取得土地使用权价款，而土地增值税中将企业取得土地使用权支付的价款单独作为一个项目扣除，不计入土地征用及拆迁补偿费用中。
二是企业所得税中的大市政配套费、契税、土地使用费、土地闲置费等，土地增值税规定不同。未明确的，应按各地规定处理。
三是土地增值税中表述的拆迁补偿支出是指“净支出”，这与企业所得税的规定不同。也就是说，如果开发企业在拆迁补偿支出中，收到政府及政府部门给予的拆迁补偿补助收入，则企业所得税处理是计入营业外收入，或为征税收入或为不征税收入处理，而土地增值税则是冲减土地征用及拆迁补偿费，冲减开发成本。
辽宁省地方税务局关于明确土地增值税清算有关问题的通知第六条.doc
（二）前期工程费差异
土地增值税的前期工程费包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
与企业所得税该项费用相比，没有“筹建”前期费用。
根据上述规定分析，开发企业前期发生的有关筹建的费用，不计入土地增值税的前期工程费用中。
（三）公共配套设施费差异
土地增值税对公共配套设施规定是：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
企业所得税上，是指开发项目内发生的、独立的、非营利性的，且产权属于全体业主的，或无偿赠与地方政府、政府公用事业单位的公共配套设施支出。
两者规定基本一致，但对有些配套设施，如地下车位的处理却不同。按照企业所得税法规定，利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施处理，其成本为零。
但土地增值税处理时，如果销售该项配套设施，则成本扣除，不销售（如出租），则应保留成本不扣除。
财税[2009]31号第三十三条规定，企业单独建造的停车场所，应作为成本对象单独核算。利用地下基础设施形成的停车场所，作为公共配套设施进行处理。
（四）开发间接费用差异
土地增值税开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等，与企业所得税相比，没有包含工程管理费、营销设施建造费和利息费用。
营销设施建造费如售楼部建造费用、装修费用等，在土地增值税中是作为销售费用处理。工程管理费包括基本建设工作人员工资、办公费、差旅费、基建用固定资产折旧费、工器具使用费、印花税及与工程有关的其他管理性质的支出。
（五）成本核算对象与清算项目差异
企业所得税需要按照六项原则确定成本核算对象，成本核算对象可能较多。
而土地增值税清算时，主要对象是审批备案的项目，或分期开发项目，开发项目中有普通住宅与非普通住宅的，再分开清算。与企业所得税相比，时间跨度不一样，清算项目按大类划分，而企业所得税相对细分。
吉林省地方税务局转发国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知（吉地税发〔2007〕77号）规定，土地增值税最基本清算单位为房地产开发项目；开发项目分期的，为每个分期开发项目。最基本清算单位的开发项目或分期开发项目的确认以对房地产业具有管理职能部门核发的证件、文书（立项批准证书、建设工程规划许可证、建设用地批准书、土地使用证、开工许可证、商品房销售许可证、项目竣工验收备案证）为依据。
（六）分配方法差异
企业所得税分配方法主要规定为占地面积法、建筑面积法、直接成本法和算造价法，对于土地成本分配、配套设施分配和利息费用分配有特殊规定。土地增值税扣除项目的分摊虽然也有几种方法，但方法的选择使用没有明确的规定，一般由企业自行选择使用，除非主管税务机关有专门规定。
浙江省地方税务局关于房地产开发企业土地增值税清算若干问题的通知第二条.doc
四、开发费用差异
（一）期间费用差异
企业所得税管理费用、销售费用和财务费用按照实际发生金额据实扣除，除不符合税法规定范围和标准的外，不需要进行纳税调整。
而土地增值税计算时，开发费用实行计算扣除的办法，一般在10%以内计算扣除，利息费用能够单独扣除的除外。
（二）利息费用差异
企业所得税处理时，企业借款发生的利息费用按照资本化和费用化分别处理，部分费用需要进入开发成本中的开发间接费用。而土地增值税项目清算处理时，会计上和企业所得税中计入开发成本中的利息费用与计入财务费用的利息全部单独归集计算，能提供金融企业证明并按项目分开核算的利息费用，可以据实扣除，否则，按一定比例计算扣除。
国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告（2011年第34号）
根据《实施条例》第三十八条规定，非金融企业向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分，准予税前扣除。鉴于目前我国对金融企业利率要求的具体情况，企业在按照合同要求首次支付利息并进行税前扣除时，应提供“金融企业的同期同类贷款利率情况说明”，以证明其利息支出的合理性。
“金融企业的同期同类贷款利率情况说明”中，应包括在签订该借款合同当时，本省任何一家金融企业提供同期同类贷款利率情况。该金融企业应为经政府有关部门批准成立的可以从事贷款业务的企业，包括银行、财务公司、信托公司等金融机构。“同期同类贷款利率”是指在贷款期限、贷款金额、贷款担保以及企业信誉等条件基本相同下，金融企业提供贷款的利率。既可以是金融企业公布的同期同类平均利率，也可以是金融企业对某些企业提供的实际贷款利率。
国税发[2009]31号第二十一条规定，企业的利息支出按以下规定进行处理：
(一)企业为建造开发产品借入资金而发生的符合税收规定的借款费用，可按企业会计准则的规定进行归集和分配，其中属于财务费用性质的借款费用，可直接在税前扣除。
(二)企业集团或其成员企业统一向金融机构借款分摊集团内部其他成员企业使用的，借入方凡能出具从金融机构取得借款的证明文件，可以在使用借款的企业间合理的分摊利息费用,使用借款的企业分摊的合理利息准予在税前扣除。
资本化开始时间
借款费用同时满足下列条件的，才开始资本化：
（一）资产支出已经发生，资产支出包括为购建或者生产符合资本化条件的资产而以支付现金、转移非现金资产或者承担带息债务形式发生的支出；
（二）借款费用已经发生；
（三）为使资产达到预定可使用或者可销售状态所必要的购建或者生产活动已经开始。
符合资本化条件的资产在购建或者生产过程中发生非正常中断、且中断时间连续超过3个月的，应当暂停借款费用的资本化。
举例：A公司建造开发产品。（1）2009年1月1日银行借款2500万，利率12%。（2）2009年4月1日开工，支付1000万；6月1日，500万；7月1日，1000万；但9月1日-12月31日停工4个月。（3）专门借款余额存入银行，月利率0.5%。
计算：2009年借款利息支出=2500×12%=300
中断4个月暂停资本化。计算：1-3月和9-12月=2500×12%×210÷360=175
资本化期间利息收入 =1500×0.5%×2 +1000×0.5%×1=20
资本化利息=300-175-20=105
关联方借款利息支出
财税[2008]121号
一、在计算应纳税所得额时，企业实际支付给关联方的利息支出，不超过以下规定比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。
企业实际支付给关联方的利息支出，除符合本通知第二条规定外，其接受关联方债权性投资与其权益性投资比例为：
（一）金融企业，为5：1；
（二）其他企业，为2：1。
债资比例＝年度各月平均关联方债权性投资之和/年度各月平均权益性投资之和
各月平均关联方债权性投资＝（关联方债权性投资的月初账面余额+月末账面余额）/2
各月平均权益性投资＝（权益性投资月初账面余额+月末账面余额）/2
权益性投资为企业资产负债表上会计记录的所有者权益数额，当所得者权益小于实收资本与资本公积之和，则权益性投资为实收资本与资本公积之和；当实收资本与资本公积之和小于实收资本，则权益性投资为实收资本。
二、企业如果能够按照税法及其实施条例的有关规定提供相关资料，并证明相关交易活动符合独立交易原则的；或者该企业的实际税负不高于境内关联方的，其实际支付给境内关联方的利息支出，在计算应纳税所得额时准予扣除。
四、企业自关联方取得的不符合规定的利息收入应按照有关规定缴纳企业所得税。
五、预提费用差异及后续费用
（一）预提费用
企业所得税政策规定，在年中预缴税款和年度企业所得税汇算清缴时，部分成本费用可以预提税前扣除：①出包工程可以预提不得超过合同总金额的10％。②公共配套设施可按预算造价合理预提建造费用。③应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。
土地增值税项目清算时，企业各项成本费用均不得预提计入扣除项目。
（二）后续成本费用
土地增值税实行一次清算，清算后取得的成本费用票据不得再计入扣除项目重新计算扣除。
企业所得税规定，企业在结算计税成本时其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得计入计税成本，待实际取得合法凭据时，再按规定计入计税成本。
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