行政事业单位的预算控制主要有以下几个方面：
（一）预算的概念
预算是指行政事业单位结合管理服务目标及资源调配能力，经过综合计算和全面平衡，对当年或者超过一个年度的管理服务和财务事项进行相关经费、额度的测算和安排的过程。
行政事业单位应当建立预算管理体系，明确预算编制、审批、执行、分析、考核等各部门、各环节的职责任务、工作程序和具体要求。
（二）预算的编制
事业单位预算管理部门主要负责拟订预算目标和预算政策；制定预算管理的具体措施和办法；组织编制、审议、平衡年度预算草案；组织下达经批准的年度预算；协调、解决预算编制和执行中的具体问题；考核预算执行情况，督促完成预算目标。
单位应当加强对预算编制环节的控制，对编制依据、编制程序、编制方法等作出明确规定，确保预算编制依据合理、程序适当、方法科学。
单位可以选择或综合运用固定预算、弹性预算、零基预算、滚动预算、概率预算等方法编制预算。
（三）预算的执行
对预算指标的分解方式、预算执行责任制的建立、重大预算项目的特别关注、预算资金支出的审批要求、预算执行情况的报告与预警机制等作出明确规定，确保预算严格执行。建立预算执行责任制度，对照已确定的责任指标，定期或不定期地对相关部门及人员责任指标完成情况进行检查，实施考评。
单位预算管理部门应当运用财务报告和其他有关资料监控预算执行情况，及时向单位决策机构和各预算执行单位报告或反馈预算执行进度、执行差异及其对预算目标的影响，促进预算目标的全面完成。
（四）预算的调整
需要调整预算的，应当报经原预算审批机构批准。
（五）预算分析与考核
行政事业单位应当加强对预算分析与考核环节的控制，通过建立预算执行分析制度、审计制度、考核与奖惩制度等，确保预算分析科学、及时，预算考核严格、有据。
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