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费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的。
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。
（五）申报的计税依据明显偏低且无正当理由的。
（六）纳税人隐瞒房地产成交价格，其转让房地产成交价格低于房地产评估价格且无正当理由，经税务师事务所与委托人沟通，沟通无效的。
六、土地增值税清算项目收入审核的基本程序和方法包括：
（一）评价收入内部控制是否存在、有效且一贯遵守。
（二）获取或编制土地增值税清算项目收入明细表，复核加计正确，并与报表、总账、明细账及有关申报表等进行核对。
（三）了解纳税人与土地增值税清算项目相关的合同、协议及执行情况。
（四）查明收入的确认原则、方法，注意会计制度与税收规定以及不同税种在收入确认上的差异。
（五）正确划分预售收入与销售收入，防止影响清算数据的准确性。
（六）必要时，利用专家的工作审核清算项目的收入总额。
七、清算项目的收入，是指转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称房地产）并取得的全部价款及有关的经济收益，包括货币收入、实物收入和其他收入。
八、应当按照税法及有关规定审核纳税人是否准确划分征税收入与不征税收入，确认土地增值税的应税收入。
九、土地增值税以人民币为计算单位。转让房地产所取得的收入为外国货币的，以取得收入当天或当月１日国家公布的市场汇价折合成人民币，据以计算应纳土地增值税税额。
对于以分期收款形式取得的外币收入，应当按实际收款日或收款当月１日国家公布的市场汇价折合人民币。
十、纳税人将开发的房地产用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其视同销售收入按下列方法和顺序审核确认：
（一）按本企业当月销售的同类房地产的平均价格核定。
（二）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确认。
（三）参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确认。
十一、收入实现时间的确定，按国家税务总局有关规定执行。
十二、对纳税人按县级以上人民政府的规定在售房时代收的各项费用，应区分不同情形分别处理：
（一）代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。
（二）代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额时不允许扣除代收费用。
十三、必要时，应当运用截止性测试确认收入的真实性和准确性。审核的主要内容包括：
（一）审核企业按照项目设立的“预售收入备查簿”的相关内容，观察项目合同签订日期、交付使用日期、预售款确认收入日期、收入金额和成本费用的处理情况。
（二）确认销售退回、销售折扣与折让业务是否真实，内容是否完整，相关手续是否符合规定，折扣与折让的计算和会计处理是否正确。重点审查给予关联方的销售折扣与折让是否合理，是否有利用销售折扣和折让转利于关联方等情况。
（三）审核企业对于以土地使用权投资开发的项目，是否按规定进行税务处理。
（四）审核按揭款收入有无申报纳税，有无挂在往来账，如“其他应付款”，不作销售收入申报纳税的情形。
（五）审核纳税人以房换地，在房产移交使用时是否视同销售不动产申报缴纳税款。
（六）审核纳税人采用“还本”方式销售商品房和以房产补偿给拆迁户时，是否按规定申报纳税。
（七）审核纳税人在销售不动产过程中收取的价外费用，如天然气初装费、有线电视初装费等收益，是否按规定申报纳税。
（八）审核将房地产抵债转让给其他单位和个人或被法院拍卖的房产，是否按规定申报纳税。
（九）审核纳税人转让在建项目是否按规定申报纳税。
（十）审核以房地产或土地作价入股投资或联营从事房地产开发，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资或联营，是否按规定申报纳税。
十四、应当审核纳税人申报的扣除项目是否符合土地增值税暂行条例实施细则第七条规定的范围。审核的内容具体包括：
（一）取得土地使用权所支付的金额。
（二）房地产开发成本，包括：土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
（三）房地产开发费用。
（四）与转让房地产有关的税金。
（五）国家规定的其他扣除项目。
十五、扣除项目审核的基本程序和方法包括：
（一）评价与扣除项目核算相关的内部控制是否存在、有效且一贯遵守。
（二）获取或编制扣除项目明细表，并与明细账、总账及有关申报表核对是否一致。
（三）审核相关合同、协议和项目预（概）算资料，并了解其执行情况，审核成本、费用支出项目。
（四）审核扣除项目的记录、归集是否正确，是否取得合法、有效的凭证，会计及税务处理是否正确，确认扣除项目的金额是否准确。
（五）实地查看、询问调查和核实。剔除不属于清算项目所发生的开发成本和费用。
（六）必要时，利用专家审核扣除项目。
十六、核各项扣除项目分配或分摊的顺序和标准是否符合下列规定，并确认扣除项目的具体金额：
（一）扣除项目能够直接认定的，审核是否取得合法、有效的凭证。
（二）扣除项目不能够直接认定的，审核当期扣除项目分配标准和口径是否一致，是否按照规定合理分摊。
（三）审核并确认房地产开发土地面积、建筑面积和可售面积，是否与权属证、房产证、预售证、房屋测绘所测量数据、销售记录、销售合同、有关主管部门的文件等载明的面积数据相一致，并确定各项扣除项目分摊所使用的分配标准。
如果上述性质相同的三类面积所获取的各项证据发生冲突、不能相互印证时，税务师事务所应当追加审核程序，并按照外部证据比内部证据更可靠的原则，确认适当的面积。
（四）审核并确认扣除项目的具体金额时，应当考虑总成本、单位成本、可售面积、累计已售面积、累计已售分摊成本、未售分摊成本（存货）等因素。
十七、取得土地使用权支付金额的审核，应当包括下列内容：
（一）审核取得土地使用权支付的金额是否获取合法有效的凭证，口径是否一致。
（二）如果同一土地有多个开发项目，审核取得土地使用权支付金额的分配比例和具体金额的计算是否正确。
（三）审核取得土地使用权支付金额是否含有关联方的费用。
（四）审核有无将期间费用记入取得土地使用权支付金额的情形。
（五）审核有无预提的取得土地使用权支付金额。
（六）比较、分析相同地段、相同期间、相同档次项目，判断其取得土地使用权支付金额是否存在明显异常。
十八、土地征用及拆迁补偿费的审核，应当包括下列内容：
（一）审核征地费用、拆迁费用等实际支出与概预算是否存在明显异常。
（二）审核支付给个人的拆迁补偿款所需的拆迁（回迁）合同和签收花名册，并与相关账目核对。
（三）审核纳税人在由政府或者他人承担已征用和拆迁好的土地上进行开发的相关扣除项目，是否按税收规定扣除。
十九、前期工程费的审核，应当包括下列内容：
（一）审核前期工程费的各项实际支出与概预算是否存在明显异常。
（二）审核纳税人是否虚列前期工程费，土地开发费用是否按税收规定扣除。
二十、建筑安装工程费的
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