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所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）、《财政部国家税务总局关于全国社会保障基金有关企业所得税问题的通知》（财税〔2008〕136号）、《财政部国家税务总局关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税〔2009〕87号）的下发，特别是87号文件使得2008-2010年期间，大量企业取得的财政性资金被判定为不征税收入，其纳税申报如何处理，一直未被明确，例如：河南省地税局就规定，2009年度汇算清缴，事业单位、社会团体、民办非企业单位以外的企业取得的不征税收入暂填写在附表三纳税调整项目明细表第19行，并附说明。
通知明确了企业取得的不征税收入的填报方法，即：企业符合上述文件规定的不征税收入，填报企业所得税年度纳税申报表附表三“纳税调整明细表”“一、收入类调整项目”第14行“13、不征税收入”对应列次。上述不征税收入用于支出形成的费用和资产，不得税前扣除或折旧、摊销，作相应纳税调整。其中，用于支出形成的费用，填报该表第38行“不征税收入用于所支出形成的费用；其用于支出形成的资产，填报该表第41行项目下对应行次。
（四）免税收入的填报口径。
《企业所得税法》第二十六条规定了四类免税收入，一般认为在法律未授权的情况下，无论是国务院还是财政部、国家税务总局都是无权再设定免税收入的。但是，出于社会宏观调控的特殊目的，财政部和国家税务总局在未被明确授权的情况下，出台了《财政部国家税务总局关于期货投资者保障基金有关税收问题的通知》（财税〔2009〕68号），对期货保障基金公司取得的相关收入也确认为免税收入。
通知规定，该项免税收入填报在企业所得税年度纳税申报表附表五“税收优惠明细表”“一、免税收入”第5行“4、其他”。
（五）投资损失扣除填报口径。
《国家税务总局关于做好2007年度企业所得税汇算清缴工作的补充通知》（国税函【2008】264号）文件第二条第二款规定：企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的权益性投资转让损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和股权投资转让所得，超过部分可向以后纳税年度结转扣除。企业股权投资转让损失连续向后结转5年仍不能从股权投资收益和股权投资转让所得中扣除的，准予在该股权投资转让年度后第6年一次性扣除。
企业所得税纳税申报表附表十一“长期股权投资所得损失”，据此设计了“投资损失补充资料”。
《企业所得税法》实施后，长期股权投资损失是否能在当年扣除的政策引起了广泛争议。一是，投资损失是否能在当年一次性扣除；二是，如果2008年以后产生的投资损失能够在当年一次性扣除，2008年以前的投资损失继续遵循国税函【2008】264号文件规定，还是也可以一次扣除。
《国家税务总局关于印发〈企业资产损失税前扣除管理办法〉的通知》（国税发〔2009〕88号）规定，企业发生的投资（转让）损失应按实际确认或发生的当期扣除。但是，该文件没有明确以前年度的损失是否可以在2009年度汇算清缴一次性税前扣除。
通知指出，对于长期股权投资发生的损失，企业所得税年度纳税申报表附表十一“长期股权投资所得损失”“投资损失补充资料”的相关内容不再填报。据此判断，既然“投资损失补充资料”不再填报，也就意味着不但2009年度的股权投资损失可以一次性扣除，以前年度产生的股权转让损失也可以在2009年度一次性扣除。因为，如果以前年度产生的损失继续遵循国税函【2008】264号文件规定，纳税申报表必须要填列到“投资损失补充资料”中。
（六）税收优惠填报口径。
《企业所得税法》实施之前，根据《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》（国税发【1999】34号）文件规定，如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。此外，虽然应税项目有所得，但不足弥补当年年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。
《企业所得税法》实施之后，免税收入、所得不再需要弥补应税亏损，对于纳税人来说是利好消息。但是新的问题是，应税所得是否允许弥补免税的亏损，这一点并未明确，尤其纳税申报表填报说明，又没有规定免税所得可以填列负数，因此业界的一些专家认为，免税收入、所得不必弥补应税亏损，但是应税收入、所得可以弥补免税亏损。
通知明确，对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。
值得注意的是，在税收实践中，一些多业经营的纳税人，预计到本年度免税项目亏损时，往往采取不去备案的方式，不享受免税待遇，从而规避税法的规定。
（七）弥补亏损填报口径。
《企业所得税法》实施之前，符合独立核算标准的分支机构作为单独的纳税人缴纳税款，而《企业所得税法》实施后，法人企业是独立的纳税人。关于以前年度作为单独纳税人，2008年以后不再具有独立纳税人资格分支机构以前年度的亏损处理问题，《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，总机构可以全额弥补分支机构2007年及以前年度尚未弥补完的亏损。
由于总机构弥补分支机构以前年度亏损政策，只是暂时性政策，随着以前年度亏损期限的到期，该问题将不复存在，因此附表四“弥补亏损明细表”并未设计专门的栏次。
通知明确，将分支机构以前年度的亏损视同为企业合并，填入企业所得税年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”第三列“合并分立企业转入可弥补亏损额”对应行次。
（八）企业处置资产确认问题。
《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）第三条规定，企业处置外购资产可按购入时的价格确定销售收入。关于这一条规定，业界引起了不小的争议，一部分人认为这一条规定不合理。比如，某企业购入商品房一套，购入价格100万元，3年后市场公允价值为300万元，该企业将其用于投资，按照本条款规定视同销售价格可以按照购入时的价格100万元，而不是300万元，因此不合理；另外一部分认为，文件中的“可”字用的非常精确，是指如果外购货物并未增值，在这种情形下，不能机械的按照成本利润率计算视同销售价格，而是“可”按照购入价格即可，反之如果购进货物德市场公允价值发生了重大变化，则不能按照购进价格确认视同销售收入。
通知明确，企业处置外购资产按购入时的价格确定销售收入，是指企业处置该项资产不是以销售为目的，而是具有替代职工福利等费用支出性质，且购买后一般在一个纳税年度内处置。
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