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接确认其进项税额不能抵扣的，如购进货物直接用于免征增值税项目，或者直接用于非增值税应税项目，或者直接用于集体福利或个人消费的，其符合规定的增值税扣税凭证上注明的增值税额，应直接计入购入货物或接受劳务的成本。
第二，购入货物时不能直接确认其进项税额能否抵扣的，先按一般购进货物进行会计处理。如果这部分购入货物以后用于按规定不得抵扣进项税额的项目或者购进货物及在产品、产成品发生非正常损失，应将其原已记入进项税额的金额转出，通过“应交税金——应交增值税（进项税额转出）”账户转入“生产成本”、“待处理财产损溢”等账户。
（五）缴纳增值税的会计处理
试点纳税人缴纳当月的增值税，应借记“应交税金——应交增值税（已交税金）”账户，贷记“银行存款”账户；如果当月缴纳上月或以前月份欠交的增值税，则应借记“应交税金——未交增值税”账户，贷记“银行存款”账户。
【例】2×12年4月1日，上海A试点物流企业（增值税一般纳税人，之前无留抵税额），本月提供交通运输收入100万元，物流辅助收入100万元，按照适用税率，分别开具增值税专用发票，款项已收。当月委托上海B企业一项运输业务，取得B企业开具的货物运输业增值税专用发票，价款20万元，注明的增值税额为2.2万元。假设A企业本月只发生上述业务，不存在其他情况，已用银行存款缴纳当月税金。
应交增值税＝11＋6－2.2＝14.8万元
借：应交税金——应交增值税（已交税金）
148 000
贷：银行存款
148 000
二、小规模纳税人的会计处理
试点办法第13条规定，增值税征收率为3%。第30条规定，简易计税方法的应纳税额，是指按照销售额和增值税征收率计算的增值税额，不得抵扣进项税额。应纳税额计算公式：
应纳税额＝销售额×征收率
因此，小规模纳税人只需在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目，不需要在“应交增值税”明细科目中设置专栏，“应交税金——应交增值税”科目贷方登记应交纳的增值税，借方登记已交纳的增值税；期末贷方余额为尚未交纳的增值税，借方余额为多交纳的增值税。
小规模纳税人购进货物和接受应税劳务时支付的增值税，直接计入有关货物和劳务的成本，借记“材料采购”、“在途物资”等账户，贷记“银行存款”等账户。小规模纳税人销售收入，按应收的全部款项，借记“应收票据”、“银行存款”等账户，应按不含税价格，贷记“主营业务收入”等账户，按应交的增值税，贷记“应交税金——应交增值税”账户。
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