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在对存货损失的处理上，会计制度规定：由于预见存货可能遭受损失或不合市价，出于会计上的“谨慎性”，企业在期末要计提“存货跌价准备”，但税法上不予认可；对于正常的存货损失，会计处理等同于税法，在本年利润中直接扣除；对于存货的非正常损失，会计上分两种情况在本年利润中直接扣除，即自然灾害损失，在扣除保险公司等赔偿后记入“营业外支出”，而因管理不善造成货物被盗窃、发生霉烂变质等损失，扣除有关责任人员赔偿后记入“管理费用”。
一、存货损失的税收处理
1、增值税方面
企业发生非正常损失的购进货物，其进项税额不得从销项税额中抵扣。如果企业在货物发生非正常损失之前，已将该购进货物的增值税进项税额实际申报抵扣，则应当在该批货物发生非正常损失的当期，将该批货物的进项税额予以转出。
2、所得税方面
对于因“管理不善”记入“管理费用”和因“自然灾害”记入“营业外支出”的存货非正常损失，如果具备第13号令中规定认定的证据，经税务机关审查批准后，准予在当期税前扣除。
二、存货损失的会计处理
某内资企业系一般纳税人，2006年不包括以下经济业务的情况下的会计利润为200万元，应交增值税金已足额上交，其它会计资料反映情况如下：
已计提存货跌价准备15万元；因仓库保管员王某放松责任心，导致仓库原材料被盗，经盘查，材料账面价值为50000元（其中含分摊的运费4650元）；意外火灾造成库存产品全部烧毁，该产成品的非正常损失金额40万元。已知全年总计耗用存货金额500万元，全年生产成本金额800万元；12月份盘亏一批8月份购入的材料（已抵扣进项税额），盘亏金额为9万元，查明属于定额内自然损耗；以上材料进项税税率为17%，不考虑其他税费和纳税调整。
根据上述材料，该企业应进行如下账务处理：
1. 存货跌价准备只影响计税所得额，即调赠应纳税所得额15万元，并不影响会计利润额，故不必作调账分录；
2. 被盗材料进项税额转出＝（50000－4650）×17%＋4650÷（1－7%）×7%＝8059.50元，
借：待处理财产损溢58059.50
贷：原材料50000
应交税金———应交增值税（进项税额转出）8059.50
2006年12月20日经董事会批准，由王某赔偿2万元，并报经税务机关审批同意后，
借：管理费用 38059.50
其他应收款———王某 20000
贷：待处理财产损溢58059.50
3. 被毁产成品的进项税转出额＝（产成品的损失金额×全年耗用存货金额÷全年生产成本金额）×适用税率＝（40×500÷800）×17％＝4.25万元，
借：待处理财产损溢442500
贷：产成品400000
应交税金———应交增值税（进项税额转出）42500
2006年12月20日经董事会批准，并报经税务机关审批同意后，
借：营业外支出442500
贷：待处理财产损溢 442500
4. 盘亏入账时：
借：待处理财产 105300
贷：原材料90000
应交税金———应交增值税（进项税额转出）15300
根据第13号令，定额内合理损耗，属正常损失，不必报经税务机关审批，直接在当年所得税前扣除，
借：管理费用———定额损耗 105300
贷：待处理财产损溢105300
根据上述业务，该企业应交增值税＝8059.50＋42500＋15300＝65859.50元，应税所得额＝2000000＋150000－38059.50－442500－105300＝1564140.50元，应交所得税＝1564140.50×33%＝516166.37元。
需要注意的是，如果以上非正常损失当年未报税务机关批准，则不允许在当年及以后年度抵扣；对于正常损耗，虽少了审批这一程序，但也要在证据确凿后才在当年扣除。
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