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对购货与生产领用、生产定单进行核对；在原材料种类上进行核对。
2.票流方面：查清增值税抵扣凭证的来源、取得的方式及途径；注意从企业的供应、财务部门、运输部门分别调查，结合材料采购、货物运输、资金支付以及财务处理进行多方位查证，加以相互印证。
3.资金流方面：查清结算方式、资金流向，调查付款与受票、付款与购货、付款与运输业务之间的对应关系，对资金回流的情况深究原委。
（三）提高对各类证据的采集水平，增强证据有效性
在检查发票案件中，采集合法、有效、全面的证据，对案件准确定性，及时有效地打击涉税违法犯罪行为非常重要。按照相关法律法规规定，只有合法采集并应用客观、全面、确凿有效的证据，依法办案，准确定案，才能有效防止行政复议和行政诉讼案件的发生，才能维护纳税人的合法权益，促使税务机关依法行政，全面提高执法水平。
例如，由于发票违法、犯罪案件具有很强的隐蔽性，使直接证据在取得和确认上具有很大的难度，因此需要重视间接证据在案件中起到的作用，因此，稽查人员应善于从直接证据和间接证据两方面入手查找纳税人违法事实，保证证据的全面性。
再如，在难于采集到原始证据的情况下，可以充分利用传来证据并核实传来证据作为对原始证据的补充，根据传来证据找到原始证据，还可以与原始证据相互印证、核实，增强原始证据的证明力，以保证证据的连续性。
另外，从目前稽查工作的实际来看，纳税人的承认对于案件事实的确认作用巨大，应尽力促使这一言证结果。但纳税人承认与否不能最终左右案情，承认并非等于可以定案，所以不能因为纳税人的承认而简单结案，也不能因为纳税人的否认而终止调查，值得注意的是，稽查人员应当在询问笔录等言词证据中全面反映涉票业务详细过程的全貌，既不能笼统，也不能含糊，更也不能片面，在此基础上再依靠其它证据予以补强。而实物证据具有客观性、真实性的特点，是在案件发生过程中自然形成、记录事实过程的证据，具有很强的证明力。例如，银行的对账单、资金的进出记录、企业合同、传真等真实记录业务发生过程的证据，因此，需将完整的言词证据与实物证据并重，以此确保证据采集的确凿性。
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