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“项目部”汇入3543万元（约14家）。公司间往来资金目前尚未审核其性质。就目前银行确认的收入1.68亿元经与账簿记载收款3.5亿元比对，没有发现收入不入账的现象
资金支出情况。初步审核该单位2006年至2009年（不完全统计）开具支票920余张，收款单位约170家，支出资金5.1亿元。其中疑似项目部14个，取得支票155张，共计收款1亿元。目前该单位帐簿记载开发成本4.3亿，经与银行支出资金比对发现确实有支付给“项目部”的资金。以“KK水泥厂”为例，通过银行可以确定该公司支付了661万，在寻问“KK水泥厂”负责人时，其介绍曾收款3000万。
为进一步了解情况，公安局联系了“KK水泥厂”的负责人到公安局接受询问，检查组也同时制作了询问笔录。该负责人称的确为该公司干了活，并收到了资金，但是都是口头约定，没有合同等资料，目前公司没帐、没人、没钱，不能提供相应的证据资料。
为了能够客观、准确的掌握其实际收款、支付资金的情况，检查组对“KK水泥厂”在农村商业银行0xxxxxxxxxxxxxxxx的账户进行了检查。因该水泥厂未留存任何资料，因此检查组只能在银行库房查找该公司原始凭证，并对2006年至2009年这一账户下所有进帐、出账的资金往来原始凭证逐一进行复印、归档、统计。经统计各类进账单、转帐单、取款凭证共计1000余张，共计入账资金4400万，截至到2009年账户余额363万。经整理发现该水泥厂大部分支出是以提取现金形式完成的，金额从几千元到几万元不等，资金用途无法审核。
综上，通过资金流向难以准确判定资金性质。通过银行的资料发现该公司与“项目部”确实存在资金往来，这也印证了“项目部”负责人所述的为该公司建设施工并取得工程款。但是双方的操作不规范，口头行为比较多，没有证据可供检查，无法确定其资金往来的性质，对于支付资金是否用于建筑施工，也难以判定。如果要确定资金的性质，就需要对项目部的资金流向进行检查。对于项目部的支出金额、收款单位情况进行核实，确定支付资金的用途以及金额。通过*9阶段的了解，项目部支付资金大部分是以现金形式，大量用于工人工资、材料采购等，但由于双方口头行为较多，支出的资金与建设项目是否有关，难以证明。
2011年9月22日该公司提出申请，因其核算不健全、财务人员没有经过系统培训，造成了入账发票是虚假发票，但交易是真实的，的确购买了材料，该公司希望能将虚假发票更换为真发票。因此对该公司下发了“提供纳税资料通知书”要求其在10月31日前提供相应证据。但截止到11月8日该公司未能提供任何证据。
鉴于以上情况，检查组按照税法规定重新计算了该单位应缴纳和少纳的企业所得税。
调整总成本，计算可售面积平均成本：该单位开发成本科目列支437744659.3元、开发费用科目列支68796527.37元，共计506541186.67元，其中的大市政费32375470.4元、虚假发票201390851.83元、应付帐款预提16679734.25元不应在成本内列支，经调整后实际可列支256095130.19元，总建筑面积201109.97平方米，其中不可售面积37610.37平方米、可售面积163499.6平方米，可售面积的平均成本1566.33元。
（1）2006年未按税法规定计算缴纳企业所得税
2006年该单位取得营业收入共计165291986.24元，其中取得预售收入58694148元，销售收入78603964.24元、销售面积23684平米、计税成本37097075.85元，2005年取得售房收入结转到2006年共计27693759元、销售面积7371.86平米、计税成本11546801.62元，其他业务收入300115元，营业外收入66185元。预售收入应按照20%计税毛利率计算当期毛利额、取得销售收入应按照计税成本调整所得税。
调整计算过程如下：
营业收入：106297723.24元
计税成本：1566.3×31055.86=48643877.47元
期间费用、营业税及附加：9012042.07元
营业外收入：66185元
毛利额：58694148×20%=11738829.6元
调整后应纳税所得额：60746933.3元
适用税率33%
应补缴企业所得税：
（106297723.24-48643877.47-9012042.07+66185+11738829.6）×33%-33896=20012591.99元
（2）2007年，该公司将全部预售收入转入销售收入，共计确认销售收入，其中包括2006年结转的58694148元、当年取得销售收入148291923.2元，其他业务收入304080元、营业外收入24000元、营业外支出75031.75元；销售面积43365.25平方米，其中当年度销售28745.25平方米、2006年结转的预售收入58694148元所售面积14620平方米；
调整计算过程如下：
营业收入：207290152.14元
计税成本：1566.3×43365.25=67924504.67元
期间费用、营业税及附加：11208958.4元
营业外收入：24000元
营业外支出：75031.75元
调减2006年预售收入的毛利额： 11738829.6元
调整后应纳税所得额：116366827.72元
适用税率33%
应补缴企业所得税：
（207290152.14-67924504.67-11208958.4+24000-75031.75-11738829.6）×33%-33896=38401053.15元
（3）2008年企业所得税检查情况
2008年售房收入14025760.85元，销售面积3308.42平米，计税成本5182093.72元、期间费用、营业税金及附加：3799062.02元、营业外支出：520351.73。
调整计算过程如下：
销售收入：14025760.85元
计税成本：5182093.72元
期间费用、营业税及附加：3799062.02元
营业外支出：520351.73元
调整后纳税所得额为：4524253.38元，适用税率25%，
少缴企业所得税：
（14025760.85-5182093.72-3799062.02-520351.73）×25%=1131063.35元
企业所得税补税调整表
单位：元
项目 2006年 2007年 2008年 合计
营业收入 165291986.24 207290152.14 14025760.85 386607899.2
计税成本 48643877.4 67924504.67 5182093.72 121750475.8
期间费用、营业税金及附加 9012042.07 11208958.4 3799062.02 24020062.49
营业外收入 66185 24000 0 90185
营业外支出 0 75031.75 520351.73 595383.48
毛利额 11738829.6 -11738829.6 0 0
已预缴企业所得税 33896 0 0 33896
调整后的应纳税所得额 60746933.3 116366827.22 4524253.38 181638013.9
适用税率 33% 33% 25%
企业所得税 20012591.99 38401053.15 1131063.35 59544708.49
三、违法事实及处理结果
（一）违法事实
该公司未按照税法规定确认收入、成本，收入与成本不匹配
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