增值税专用发票从手写版升级到金税工程防伪税控系统网络版后，对抑制虚开专用发票起到了一定的作用，但从税务部门每年查处的虚开增值税专用发票案件可以发现，虚开案件的查处以及各种防范措施的滞后性，即“出现漏洞——升级补漏——又出现漏洞——再升级补漏”较为明显。
　　虚开增值税专用发票的特点
　　团伙作案与专业分工相结合的犯罪网络初步形成。犯罪分子利用各种私人关系，搭建一个个虚开、骗税团伙，精心策划犯罪活动，有专门负责开票、报税等具体工作人员，外围有“配套服务”专业人员，他们或是为进口环节提供进口批文，或是充当中间人，负责进出口报关、组织资源、介绍虚开发票等，各自分工明确。
　　一个犯罪团伙控制多家企业同时作案。犯罪分子这样做的目的是：一是增加作案隐蔽性;二是增大购票量;三是多家企业团伙内互开发票以达到税务机关规定的最低税负率，制造企业正常经营的假象。
　　企业走逃现象明显。在虚开案件中以商贸、私营企业为主，其中绝大部分是案发前早已走逃，而且大多企业存续时间短，购、销货物品名较杂。
　　犯罪分子的作案手法日趋多样化、智能化。一是利用海关票尚未纳入金税工程系统的缺陷，使用伪造的海关票逃避金税工程各系统的稽核监控，再对外虚开发票。二是利用防伪税控认证系统七项认证参数设置的漏洞，出现各种“套票”、“克隆票”以及经过解密处理的“假票”进入认证系统通过认证进行抵扣。
　　查处难度加大。一是大量走逃企业的存在，使办案人员处于无账可查的尴尬局面;二是款项大量使用现金入账，使得“资金链”断裂;三是通过“地下钱庄”走款，使得资金回流现象不再明显，增加了通过追查资金来证实虚开行为的难度。
　　虚开增值税专用发票的作案手段
　　在金税工程防伪税控监管体系下，虚开的增值税专用发票首先必须是从税务机关领购的真票，必须是能够通过防伪税控系统认证的，否则其虚开行为无法得利，虚开作案手段主要有：
　　“虚开”与“走逃”相结合游击作案。如不法分子首先以各种伪造证件成立公司，并通过精心策划，瞅准时机，就从税务机关大量领购增值税专用发票并且集中于某一个月内大量虚开发票。待到次月报税期，该虚开公司已逃之夭夭，发票成了失控发票，面对走逃企业，税务机关已无账可查。
　　“虚开”与“套票”、“假票”相结合隐蔽作案。这种作案手段是近年才出现的，它以“票货分离式”为前提，具有隐蔽性强、技术性高、作案时间长、地域范围广的特点，而且最关键的一点是这种作案手段的核心人物变成了“中间人”(一般都是有组织、有策划的中间团伙)。一个中间团伙对应着众多开票方和需票方。首先，核心人物“中间人”平时就会收集大量的企业信息，以需要发票的企业税号名义购货，货交给购货企业或个人，票开给要票的企业。因开票方与要票方各自经营范围的原因，很可能开票的“货物名称”不能对应，“中间人”为解决这一问题，采取了把真票内容移花接木到假票中的方法。在这种作案手段下，就开票与受票单方票面内容来看，因不存在逻辑性错误，所以很难被察觉出问题。
　　其他一些常见的作案手段。一是利用伪造的海关完税凭证做进项抵扣，然后对外无货虚开。二是利用部分商品销售的“空余开票额度”虚开增值税专用发票。这种情况多发生在该行业的下游行业(或下游的下游行业)部分企业可以不需要增值税专用发票，比如金属压延行业，下游门业，再下游房地产业。因行业特点，门业可以少要进项发票抵扣税款，金属压延行业就产生了大量“空余开票额度”，不法分子利用这部分“空余开票额度”对外虚开。三是利用农产品收购加工企业或废旧物资收购企业特殊政策虚开。四是利用黄金交易增值税先征后返政策，变造增值税专用发票。在实际查处的虚开案件中，犯罪分子往往利用多种作案手段，同时交错进行。
　　防范与打击虚开增值税专用发票的建议
　　提升金税工程功能。对目前由海关代征的增值税制度进一步完善，将海关代征增值税缴款书的管理纳入金税工程监管范围，同时对金税工程认证系统进行升级，把目前对票面信息只认证比对七项参数改为对票面信息内容全部纳入认证比对系统，彻底杜绝“套票”、“假票”，堵塞税收征管漏洞。
　　取消增值税纳税人中小规模纳税人征管模式的设置。税法应规定，将除个体户以外的增值税纳税人全部纳入一般纳税人管理，同时取消增值税一般纳税人认定审批制度，改为增值税纳税人一经登记就自动取得一般纳税人资格。理由是只有一般纳税人才能按照增值税基本原理运行，因此小规模纳税人的设置可能是一个漏洞。
　　加强企业使用现金入账的税收管理。税法应直接规定，企业之间货款支付1万元以上的必须通过银行汇款或转账，1万元以上若用现金支付(入账)而开具的增值税专用发票，一律不得作为增值税抵扣凭证。
　　提高虚开失信成本。严厉打击虚开、接受虚开不法行为，提高对虚开行为的最低处罚倍数。
　　建立长期税收宣传机制。可选择一些查处的具有影响力的虚开发票案件开展宣传，以达到威慑作用和警示作用，通过宣传让纳税人不敢、也不想通过接受虚开进项发票进行逃税、骗税，彻底消灭虚开发票的“买方”市场。