财税[2009]59号规定，股权收购，是指一家企业(以下称为收购企业)购买另一家企业(以下称为被收购企业)的股权，以实现对被收购企业控制的交易。也就是属于《企业会计准则第20号——企业合并》应用指南中的控股合并。
　　股权收购是对被收购企业控制的交易，即收购被投资单位股权形成对子公司投资;如果收购股权形成对合营企业投资、联营企业投资则不属于股权收购。
　　一、股权收购一般性税务处理
　　财税[2009]59号规定，企业股权收购按以下规定处理：
　　1.被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。
　　2.收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。
　　3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。
　　其实就被收购方将一项资产出售，出售损益计入当期应纳税所得额;收购方就是按购入一项资产，资产按购入价(公允价值)为计税基础;长期股权投资是股东间的交易，和被收购企业无关，被收购企业的相关所得税事项自然是没有变化的。股权收购一般税务处理很简单，和其它的资产出售没有什么不同。
　　二、股权收购特殊性税务处理
　　1.特殊重组条件
　　(一)具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
　　(二)股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%。
　　(三)企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
　　(四)收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%
　　(五)企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
　　财税[2009]59号第二条规定：本通知所称股权支付，是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式。那么股权支付的情况有两种：
　　(一)、以本企业股权支付，就是定向增发。
　　(二)、以其控股企业的股权支付。
　　需要注意的是：
　　(一)《企业重组业务企业所得税管理办法》第六条规定：《通知》第二条所称控股企业，是指由本企业直接持有股份的企业。即对子公司的股权进行置换，而不是用母公司的股权。
　　(二)《企业重组业务企业所得税管理办法》第二十条　《通知》第五条第(五)项规定的原主要股东，是指原持有转让企业或被收购企业20%以上股权的股东。
　　2.特殊重组所得税处理
　　股权收购交易各方可以选择按以下规定处理：
　　1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
　　2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
　　3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。
　　4.重组交易各方按本条(一)至(五)项规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
　　非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)
　　(一)、以本企业股权支付，定向增发案例
　　案例1：甲公司以定向增发股票和一项固定资产方式购另一企业乙公司持有的A公司80%股权。为取得该股权，甲公司增发2000万股普通股，每股面值为1元，每股公允价值为5元;。一台固定资产的账面原价为1000万元，已计提累计折旧500万元，公允价值为800万元。取得该股权时，A公司净资产账面价值为9000万元，公允价值为10800/80%万元。乙公司持有的A公司80%股权未出售前的长期股权投资计税基础为6000万元。
　　被收购企业的股东乙公司
　　股权支付金额占交易支付总额的比率=(2000×5)÷10800=92.59%
　　假设其他同时符合特殊重组条件
　　甲乙公司选择特殊重组
　　被收购企业的股东乙公司
　　1、被收购企业的股东乙公司应确认应纳税所得额：
　　(10800-6000)×(800÷10800)=355.68
　　2、乙公司取得甲公司股权的计税基础
　　6000×92.59%=5555.4
　　收购企业甲公司
　　1、固定资产转让确认应纳税所得800-(1000-500)=300
　　2、甲公司取得A公司股权的计税基础
　　6000×92.59%+10800×7.41%=6355.68
　　对于乙公司来说，和一般重组相比较重组当期少确认应纳税所得额(10800-6000)-355.68=4444.32，而乙公司取得甲公司股权的计税基础减少了10000-5555.4=4444.6(4444.6和4444.32不等是因为小数四舍五入所至)，此属于可抵扣暂时性差异。但对于甲公司来说，甲公司取得A公司股权的计税基础也减少了4444.32。
　　特殊重组和一般重组相比较有多征税的情况。
　　(二)、以其控股企业的股权支付案例
　　案例2：接案例1，把甲公司以定向增发股票换成以所持有本公司子公司B公司2000万股普通股，每股公允价值为5元的股权置换给乙公司，甲公司持有B公司2000万股计税基础为8000万元，其他条件不变。
　　甲乙公司选择特殊重组
　　被收购企业的股东乙公司所得税处理和案例1相同
　　收购企业甲公司取得A公司股权的计税基础以被收购股权的原有计税基础确定6000×92.59%+10800×7.41%=6355.68(其中已经计损益部分10800×7.41%)
　　而甲公司原持有B2000万股计税基础为8000万元，选择特殊重组后计税基础减少了8000-5555.4=2444.6，计税基础发生了变化，如果甲公司原持有B公司2000万股计税基础为5000万元，选择特殊重组后计税基础就会增加5555.4-5000=555.4。
　　由于被收购股权的原有计税基础和置换出去的控股企业的股权计税基础不一致，而使得差异部分的计税基础消失，显然有些不合情理。以其控股企业的股权支付选择特殊重组，如果规定“收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以收购企业支付股权的原有计税基础确定。”似乎更合适。
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