企业跨地区经营现象比较普遍，按照业务发展的需要，一般跨地区经营企业早期实行人员外派，然后设立办事处，再是设立分公司，最后考虑设立子公司。
　　以上几种跨地区经营形式在企业所得税的处理上有很大的不同。在实行人员外派和设立办事处的情况下，外地人员所发生的费用都归入公司总部，一般在外地不存在企业所得税纳税义务的发生，所以在早期的市场拓展阶段，外地业务还没有形成稳定的收入流，这种情况下采取人员外派和设立办事处最有利;如果外地业务已经形成稳定的收入流，且收入减去成本费用后有盈利，那么就可以考虑设立子公司，子公司和公司总部一样是独立的企业所得税纳税人。本文重点讨论在外地设立分公司的情形。
　　《企业所得税法》第五十条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。这就决定了分公司的企业所得税应当由总公司汇总计算。
　　同时，按照国家税务总局公告2012年第57号《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》(以下简称“57号公告”)规定的“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”原则，总机构和分支机构需要按照规定的比例计算出应纳企业所得税额后就地预缴，年终由总机构汇总计算应缴应退税额，再按照规定比例在总机构和分支机构间分摊应缴应退税额，由总机构和各分支机构分别就地办理退补税款。在总机构和分支机构所处地区企业所得税税率不同的情况下，这种计算方法就给了纳税人一定的筹划空间。
　　当然，现行企业所得税法已经取消了大部分的地区性税率优惠，过渡期税率优惠于2012年底到期终止，目前仅剩下西部大开发税率优惠，因此，跨地区经营的企业总部设立地点选择，以及在总部和各二级分支机构之间合理分配资产、人员、营业收入，以充分享受西部大开发税收优惠政策，具有一定的纳税筹划空间。
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