与其他审计程序一样，经济效益审计也包括准备、实施和结束三个阶段。但是，在这三个阶段中，经济效益审计所进行的具体活动，与财务审计和财经法纪审计是有所不同的。
　　首先，经济效益审计在准备阶段要资料搜集更为全面而且工作内容比其他审计更多、更复杂。
　　其次，经济效益审计需要编制更具体和细致的审计计划及方案。因此经济效益审计工作实际操作难度更大。
　　第三，经济效益审计不采取突击审计的方式，在实施审计工作前，要给被审计单位下达审计通知书。
　　第四，审计报告采取详式报告，审计报告所反映的内容与其他审计有较大的区别。审计报告中要对被审计单位的经济效益状况进行系统分析，指出制约经济效益提高的因素，提出具体的建设和措施。
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