事业单位当年实现的结余，应当按照规定进行分配。结余分配的内容主要有两项：一是有所得税交纳业务的事业单位计算应交所得税；二是事业单位计提专用基金。进行上述分配后，当年结存的未分配结余转入事业基金(一般基金)。
　　事业单位应当设置“结余分配”科目，一般应设置“应交所得税”、“提取专用基金”等明细科目。年度终了，将事业结余和经营结余转入“结余分配”科目，借记“事业结余”、“经营结余”科目，贷记“结余分配”科目。有所得税缴纳业务的事业单位计算应交纳的所得税，借记“结余分配——应交所得税”科目，贷记“应交税金”科目。计算应提取的专用基金，借记“结余分配——提取专用基金”科目，贷记“专用基金”科目。分配后，将未分配结余转入“事业基金——一般基金”科目，借记“结余分配”科目，贷记“事业基金——一般基金”科目。
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