1、制度上的缺陷
社会综合治税的法律基本依据是《中华人民共和国预算法》和《中华人民共和国税收征收管理法》，但这些法律没有程序性的规定和明确的操作流程和操作要求，对具体哪些单位和部门涉税事宜具有协助义务，这些相关部门和单位又采用何种形式、何种程序对税务机关进行协助等等均未涉及。同时，协助群体的范围狭窄。尽管社会综合治税特点为“政府领导，税务主管，部门配合，社会参与，司法保障，信息化支撑”，但对社会参与主体(民间组织、非营利组织等第三方部门)无明文规定规范。如现有《中华人民共和国预算法》和《中华人民共和国税收征收管理法》规定的参与主体仅是“各级政府”和“各有关部门和单位”，而将民间组织、非营利组织等第三方部门排除在外，使这些主体在参与社会综合治税时缺乏必要的法律依据，名不正言不顺。
目前，由于国家没有统一规定，而省级政府出台的这种全方位、宽领域的社会综合治税机制，如《湖北省地方税费征收保障办法》却因无针对性和现实操作性而难以有效落实。而各地税务部门在加强税收征管力度的同时，必然对某领域的税源采取一定的征管措施，形成社会综合治税的地区性差异。这种社会综合洽税效果地区间的明显差距，必会引起各地区税收流失的程度不同，造成不同地区之间税收负担的差异，可能会导致资本向社会综合治税效果较差或根本没有实施社会综合治税的地区转移。
2、手段单一落后
*9，涉税信息的交换基本上局限于纸质手工传递状态。大多时候这种涉税信息传递交换方式是地税部门根据工作的需要提出数据请求，相关单位根据数据请求提供给地税部门，而且这一信息载体通常是纸质文件 部门办公地点的空间距离更是影响了数据资料传递的及时性。第二，信息传递缺少制度化和规范化。国、地税部门间，税务部门与其他相关部门之间的信息并未完全实现联网共享，信息传递以人工纸质传递方式为主，其及时性和完整性远远不能达到社会综合治税的要求。其实社会综合洽税的各个参与部门基本都有内部的信息管理系统，但由于缺乏统一的信息交换平台以及部门之间信息系统存在着机构不对称、标准不统一的问题，会造成涉税信息整合难度大、使用不充分。
3、部门协作不紧密
首先，政府相关协税部门对社会综合治税思想认识不够，主观上缺乏行政协助主动性。通常是税务部门就某事项某重点税收要求协作时，先由税务机关领导与地方政府分管领导进行汇报，然后拟定一个操作要求，再由各部门的领导和相关部门负责人一起召开联席会议，形成会议纪要，并按纪要规定执行。其次，在政府各部门形成协作方案后，在具体实施过程中通常也是困难重重，最主要表现在税务部门需要调查相关涉税情况、获取涉税信息时，相关单位或以数据查询难度大为托辞，或出于部门利益考虑，拒绝协助调查，有时甚至暗中设置阻力。尤其是存在着地方保护主义和本位主义的影响，地方政府在招商引资过程中不仅打土地价格战，同时打税收政策战，地方政府会直接或间接地要求税务部门对引资项目税收控管放松，或要求任意减免返还税收，或先征后返，或为其税收违规行为说情，随意降低税法刚性。
4、覆盖面不够
目前，地税部门在推进房地产税收一体化管理中，与国土、房产等部门建立了较好的协作机制；车船税税收征管也与公安部门的交通管理部门、保险公司等单位形成紧密配合，这些都值得肯定。但是，现实中还存在诸多涉税事项在社会治税网络体系中做得不到位的现象。例如，行政事业单位、机关团体、企业以及个体在个人所得税的代扣代缴机制方面就显得很被动，甚至不配合；部分无证户、临时户代理开具增值税发票，因国、地税业务的割裂，造成附加税费征收空白，对于这种临时性、流动性和隐蔽性较强的涉税行为，却没能在社会综合治税的网络中得到很好的控管。
5、缺乏监督机制
社会综合治税涉及到多部门、多单位的协作与配合，如果没严格的监督机制和奖惩措施，很难调动各个部门或单位的积极性。从目前实际工作看，许多单位对社会综合治税工作只是停于表面，应付得多，只是在涉及到部门利益时才会积极投入，而当影响到本部门利益时往往会采用不配合或软抵制的方式来应付。
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