「案例」某物流公司是一个集仓储、运输为一体纳入试点的大型物流企业并且为自开票纳税人，2007年该公司的总收入为4 000万元，其中提供运输收入为1 400万元，提供仓储和其他业务的收入为2 600万元。
根据国家发改委等部门发布的《关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》和国家税务总局《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）的规定，对国家发改委和国家税务总局联合确认纳入试点名单的物流企业及所属企业开展物流业务应按其收入性质分别核算。提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。因此，对于那些纳入试点的进行多种经营的物流企业来说，如果分别核算运输、整理、仓储、包装等业务可以将税率低的运输业务按照3%税率纳税；如果没有分别核算则统一按照5%税率缴纳营业税。
如果该企业没有分开核算各项业务，则应缴纳的营业税为4 000×5%=200（万元），应缴纳的城市维护建设税及教育费附加为200×（7%+3%）=20（万元）。如果该企业分别核算运输收入和其他收入，则应纳营业税为1 400×3%+2 600×5%=172（万元），应缴纳的城市维护建设税及教育费附加为172×（7%+3%）=17.2（万元）。比较可知，分开业务核算可以节省税款200+20－172－17.2=30.8（万元）。此外，对于代开票纳税的物流企业来说，根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号），代开票纳税人从事联运业务，其计征营业税的营业额为代开票注明的营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用，因此代开票纳税人在进行筹划时应注意将支付给其他联运企业的费用单独分开，由联运企业单独开具发票，而不要合并开具发票。
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