财政部、国家税务总局《关于补充养老保险费、补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。超过的部分不予扣除。本文根据《企业会计准则》及有关税收规定，就补充养老保险费及补充医疗保险费的会计处理分析如下：
企业会计准则有关规定
职工薪酬会计准则规定，补充养老保险费、补充医疗保险费属职工薪酬范畴。企业应当在职工为其提供服务的会计期间，将应付的职工薪酬确认为负债，除因解除与职工劳动关系给予补偿外，应当根据职工提供服务的受益对象分别进行处理。在“应付职工薪酬——社会保险费——补充养老保险费”和“应付职工薪酬——社会保险费——补充医疗保险费”科目中核算。
1.计入产品成本或劳务成本。
生产产品、提供劳务中，直接生产人员和直接提供劳务人员发生的补充养老保险费、补充医疗保险费，根据存货会计准则的规定，计入存货成本，但非正常消耗的直接生产人员和直接提供劳务人员的补充养老保险费、补充医疗保险费，在发生时确认为当期损益。
2.计入固定资产或无形资产成本。
根据固定资产会计准则和无形资产会计准则，如果是企业自行建造的固定资产，在建造该项固定资产达到预定可使用状态前所发生的补充养老保险费、补充医疗保险费应计入固定资产成本。企业开发阶段发生的补充养老保险费、补充医疗保险费符合资本化条件的应计入无形资产成本。
3.上述两项之外发生的其他补充养老保险费、补充医疗保险费，计入当期损益。
纳税调整及对应会计处理根
据财税[2009]27号文件规定，企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除。超过的部分，不予扣除。
1.随工资调整而调整。
企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费的扣除基础是职工工资总额，根据国家税务总局《关于企业工资、薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）规定，企业支付给员工合理的工资、薪金可以税前扣除，如果工资、薪金不合理，则要纳税调整。同时，企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费也相应要调整。另外，属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额。超过部分不得计入企业工资、薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
2.因支付比例而调整。
如果企业为员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费的比例超过职工工资总额的5%，则在年终对超过部分进行纳税调整。
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