全面预算管理涉及到企业全面的业务逻辑，包括销售、生产、采购、财务、费用分摊、成本计算等方方面面。而且企业业务逻辑经常变化，并随着企业的管理水平不断精细化，使其成为预算管理的难点之一。
这就要求信息系统要能够灵活的建立企业复杂的业务、财务模型，同时信息系统建立的预算模型要能够适应不断变化的管理需求和业务逻辑，系统的模型能够随着企业的管理水平不断精细化。
全面预算要求各业务单元广泛参与，各单元的业务分工不同，各自处理相应的数据。这要求信息系统要具有完善权限管理功能，能够设定数据权限（单元格级），以保证企业的数据安全。
同时，预算的组织协调难度很大，数据审核、汇总的工作量大。这要求信息系统要能够提供预算管理的流程支持，要支持自动的数据分发、汇总，提供预算流程管理的效率。
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