1、因商品存在质量问题，扣款属于销售折让性质，供应商出具红字发票冲减当期销售商品收入。
《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函[2008]875号）规定，企业因售出商品的质量不合格等原因而在售价上给的减让属于销售折让；企业因售出商品质量、品种不符合要求等原因而发生的退货属于销售退回。企业已经确认销售收入的售出商品发生销售折让和销售退回，应当在发生当期冲减当期销售商品收入。
《增值税专用发票使用规定》第十四条规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
2、因供应商延期交货，扣款属于合同违约金性质，贵公司应向供应方出具具备财务票据基本要素的收款收据，供应方计入营业外支出，作为经济合同违约金申报税前扣除。
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