房地产开发企业在商品房开发的土地成本核算中，往往存在一些严重问题，主要体现在3个方面：
一是一些开发商常常将后期开发商品房的土地成本，计入前期商品房的成本。如一次性征用了一大块土地，但需分两期开发，开发商可能在开发*9期商品房时，就将所征用土地使用权的成本全部计入。待到开发第二期商品房时，再将后期征用的其他开发项目的土地成本计入其中。这样以来，开发商始终有一块成本已提前列支并税前扣除的“账外土地”。
二是一些开发商往往对自用经营性房产、配套用房、违章及临时建筑等，不分摊或少分摊土地成本，而是将应由这些建筑分摊的土地成本全部或部分摊入对外销售的商品房。这样，开发商在降低自用经营性房产、配套用房、违章及临时建筑等成本的同时，提高了商品房的销售成本，而且也使得应由自用经营性房产、配套用房、违章及临时建筑等应分摊的土地成本，随着商品房的销售而全部提前得到税前扣除，从而偷逃了国家税收。
三是几乎所有的开发商都没有解决好土地使用权使用期限高于房屋、建筑物预计使用年限的问题，在结转开发商品房所征用土地的成本时，开发 商不仅将土地使用权的账面价值一次性地全部转入了商品房的开发成本，而且也全额转入了商品房的销售成本。
由于国家规定为开发商品房征用的土地使用年限为70年，而商品房的使用寿命一般为40年至50年，一旦商品房报废，土地使用权尚有20年至30年的使用期，从表面上看是消费者购买商品房的使用期限与其占用的土地使用权的使用期限不配套，但实质上是开发商将超过商品房使用年限的土地使用权的征用成本，摊派给了消费者。
造成上述问题的原因是多方面的。有政策不协调、不配套的问题，有开发商执行税法和会计准则、制度不严肃、不认真的问题，有开发企业的会计人员对政策理解不全面、执行不到位的问题，当然也有一些开发商弄虚作假、营私舞弊的问题。
由于我国对征用土地实行的是有偿出让有限使用年限的政策，而对房屋实行的又是没有年限限制的所有权政策，这两种政策对于集所有权和使用权于一体的房屋（或建筑物）的成本核算而言，产生矛盾也在所难免。
另外，从会计核算角度来看，对于房屋的构建成本（不含土地成本）要求按照“会计估计”的折旧年限计提折旧，一般为不低于20年，另一方面对于房屋所占用的土地成本，要求在土地使用年限内平均摊销（一般为40年至70年），这种不同的政策和口径自然容易造成混乱。
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