根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)规定,土地增值税清算时,已全额开具商品房销售发票的,按照发票所载金额确认收入。未开具发票或未全额开具发票的,以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致,在清算前已发生补、退房款的,应在计算土地增值税时予以调整。
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