货物运输合同印花税是对国际货运，凡由我国运输企业运输的，运输企业所持的运费结算凭证，以本程运费为计税依据计算应纳税额；托运方所持的运费结算凭证，以全程运费为计税依据计算应纳税额。由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业所持的运费结算凭证免纳印花税，托运方所持的运费结算凭证，应以运费金额为计税依据缴纳印花税。
一、货物运输合同
货物运输合同，即通常所说的货运合同，是委托人将需要运送的货物交给承运人，由承运人按委托人的要求将货物运送到指定地点交付给委托人或者收货人，并由委托人或收货人支付运费的合同。
二、货物运输合同印花税
货物运输合同的计税依据为运费收入，不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。
1、对国内各种形式的货物联运，凡在起运地统一结算全程运费的，应以全程运费为计税依据，由起运地运费结算双方缴纳印花税;凡分程结算运费的，应以分程的运费作为计税依据，分别由办理运费结算的各方缴纳印花税。释义：比如国内联运，从上海到天津，再从天津到北京，如果是从起运地上海统一结算运费，则起运地结算双方，也就是托运方和上海的承运人，对“上海到天津，再从天津到北京”的运费贴花。如果是上海到天津，天津到北京，分别计算运费，则货主与上海承运人，货主与天津承运人，分别对这两段运费贴花。
2、对国际货运，凡由我国运输企业运输的，运输企业所持的运费结算凭证，以本程运费为计税依据计算应纳税额;托运方所持的运费结算凭证，以全程运费为计税依据计算应纳税额。由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业所持的运费结算凭证免纳印花税，托运方所持的运费结算凭证，应以运费金额为计税依据缴纳印花税。释义：比如从成都运输到大连，再运输到美国，成都的承运人对成都到大连贴花，托运人对全程贴花。如果是从美国运输到大连，托运方贴花，国外提供运输的企业免税。
国际货运，如果由我国企业运输，我国企业按本程运费计算纳税。托运方全程运费计算纳税。将货物运往境外，境内的部分的运费40万，境外的部分30万，境内运输企业就40万计算印花税，境外部分的运费不缴纳印花税。
托运方按70万计算印花税。如果由外国企业运输进口货物，外国企业一方免征印花税。托运方所持结算凭证缴纳印花税。还有一个特殊情况，就是国际货运运费结算凭证在国外办理的，应在凭证转回我国境内时缴纳印花税。
凡是合同签订，就涉及缴纳印花税的问题，货物运输合同也是合同的一种，货物运输合同的签订自然也要缴纳印花税。根据货物运输合同规定的运费不同，货物运输合同印花税缴纳的金额也不相同;另外，结算方式不同也可能影响印花税的缴纳金额，因为结算地不同，就有不同的印花税比率。
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