环境保护税申报流程包括：纳税人在其主管税务机关报告《环境保护税基础信息采集表》后，登录北京互联网地税局进行环境保护税申报。
一、登录北京互联网地税局（纳税人端）点击“税费申报（原纳税申报）。
二、纳税人点击“环保税申报”。
三、未在税务机关进行信息采集的，必须首先完成信息采集。已完成信息采集的直接进行纳税申报。
1.参照国家税务总局公告2018年第7号填表说明的要求填报，首先填写信息采集表的主表，点击“增行”按钮，双击“排污许可证编号”处，以排放口为单位逐个排放口登记。
特别强调：一是根据本单位排放污染物类型一次、完整勾选“主要污染物类别”项；二是既有抽样测算，也有非抽样测算的，“是否采用抽样测算方法计算”栏选择“是”。
2.据实逐项填写排放口详细信息，点击“确定”按钮。
3.所有排放口信息登记完成后，点击“保存”按钮，出现提示信息“保存成功……”主表保存完成。
4.主表保存后，采集附表信息。选择“主附表树”对应的附表，点击“增行”按钮。
5.选择排放口，点击“确定”按钮。
6.据实逐项填写排放口信息，每个排放口的应税污染物均应进行采集，点击“保存”按钮。
四、根据纳税人基础信息中“是否采用抽样测算法计算”，申报不同样表。（A表适用于非抽样测算方法纳税人申报）
1.申报表主表信息根据附表填报数据自动生成，首先选择“主附表树”的附表填报。
特别强调：每张申报表下方均有“填报说明”按钮，点击即可查看该表的填报要求。
减免税明细表的“自动监测”的系统自动带出“月均浓度值”等，需要手工录入“最高浓度值”；“监测机构监测”的系统自动带出“最高浓度值”等，需要手工录入“月均浓度值”。
2.点击“增行”按钮，选择“月份”，鼠标点击“税源编号”栏。
3.选择本期应税的污染物，点击“确定”按钮。
4.附表填写完成后，返回主表，确认无误后，点击“提交申报”按钮，出现提示信息“保存成功……”。
五、根据纳税人基础信息中“是否采用抽样测算法计算”，申报不同样表。（B表适用于抽样测算方法纳税人申报）。
1.点击“增行”按钮，选择“月份”，抽样测算法仅需手工录入“特征指标数量”一栏，其他均为选择或系统自行计算带出。
2.确认无误后，点击“提交申报”按钮，出现提示信息“保存成功”。
六、税款缴纳
1.在“税费申报”界面找到点击“税款缴纳”。
2.“√”勾选需要缴款的申报数据，点击“生成并打印缴款书”按钮。
3.点击“打印”按钮，打印《银行端查询缴税凭证》。
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