结余资金是指结算后当年剩余的资金，是在当年预算工作目标已完成，或者因故终止，而造成的当年的剩余资金，一般指收入与支出相抵后的余额，即财政收入大于支出的部分。结转资金是指当年支出预算已执行但尚未完成，或因故未执行，在当期未使用完、下年需按原用途继续使用的专项资金或基本支出的结余，也就是指在结算的时间段里，由于工作目标尚未达到而暂时没有使用完的资金。具体可以分为基本支出结转和专项资金结转。
结算结果不同：
结转资金是一个工作目标没有完成的结算结果；结余资金是支出预算的一个工作目标已完成或者因故终止的结算结果。
下一年度资金使用用途不同：
结转资金是下一年度需要按照原用途继续使用的资金，结转资金原则上不得调整用途，将转入下一年按照原用途的预算继续使用；结余资金在下一年度可以不按照原用途继续使用的资金，按预算管理的有关规定，一般可以用于编制下年度的部门预算，统筹使用，或者按照存量资金的有关办法上缴国库。
包含的内容不同：
结转资金包括基本支出结转资金和项目支出结转资金；结余资金指项目支出结余资金，基本支出是没有结余资金的。这一点是实务操作中必须注意的。
预算执行情况不同：
财政拨款结转是指当年支出预算已执行但尚未完成，或因故未执行的情况下的财政款项。
而财政拨款结余就是支出预算工作目标已完成，或由于受政策变化、计划调整等因素影响工作终止的财政款项。
资金的管理不同：
财政拨款结转资金原则上结转下年继续使用，项目支出结转资金结转下年按原用途继续使用。
财政拨款结余资金，要全部统筹用于编制以后年度部门预算，按预算管理的有关规定，用在该部门相关支出。
用途管理不同：
财政拨款结转资金不能随意修改用途，而财政拨款结余资金可以留着作为下年部门其他项目的预算。
财政拨款结转的账务处理：
现行的行政、事业单位会计制度都规定，“财政拨款结转”科目应当设置“基本支出结转”、“项目支出结转”两个明细科目，在“基本支出结转”明细科目下按照“人员经费”和“日常公用经费”进行明细核算，在“项目支出结转”明细科目下按照具体项目进行明细核算等。行政单位会计制度还有“本科目还可以根据管理需要按照财政拨款结转变动原因，设置“收支转账”、“结余转账”、“年初余额调整”、“归集上缴”、“归集调入”、“单位内部调剂”、“剩余结转”等明细科目，进行明细核算。”这一任意性规范。
新制度规定，“财政拨款结转”科目应当设置下列明细科目：
1、与会计差错更正、以前年度支出收回相关的明细科目：“年初余额调整”;
2、与财政拨款调拨业务相关的明细科目：“归集调入”、“归集调出”、“归集上缴”、“单位内部调剂”;
3、与年末财政拨款结转业务相关的明细科目“本年收支结转”、“累计结转”。
新制度下的明细科目，不仅将现行制度中的任意性规范变成了强制性规范，还将年末收支结转改为通过“本年收支结转”明细科目核算;将现行制度中“基本支出结转”、“项目支出结转”的相关要求在“累计结转”明细科目下进行二级明细核算，最终通过“累计结转”明细科目反映单位滚存的财政拨款结转资金数额。
减少结转和消化结余资金的措施
1、中央部门在预算执行中，对当年执行进度缓慢、预计年底可能形成较多结转或结余资金的项目，应及时提出调减当年预算或调整用于本部门执行中新增的重要支出的建议，报财政部审批。对经财政部审核调减的部门预算资金,全部收回中央总预算。
2、除特殊原因外，对当年结转和结余资金比上年增加较多，或常年累计结转和结余资金规模较大的中央部门，在编制部门预算时，财政部将视其结转和结余资金情况,适当压缩部门财政拨款预算总额。
3、对以前年度部门预算安排的财政拨款资金，因特殊原因已无法支出或已不需要支出的，或因其他原因需要收回的，财政部可以商中央部门后通过调减部门预算等方式，将资金收回中央总预算。
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