水土保持补偿费支出该计入管理费用科目，收入计入应收补贴。水土保持补偿费，是指单位和个人在从事自然资源开发和生产建设活动中，毁坏了水土保持设施（包括植物措施和工程措施）使其丧失原有的水土保持功能所必须补偿的费用。管理费用，是指企业管理和组织生产经营活动所发生的各项费用。
水土保持补偿费应计入什么科目
管理费用包括的内容较多，以工业企业为例具体包括：
1.公司经费，即企业管理人员工资、福利费、差旅费、办公费、折旧费、修理费、物料消耗、低值易耗品摊销和其他经费；
2.工会经费，即按职工工资总额的一定比例计提拨交给工会的经费；
3.职工教育经费，即按职工工资总额的一定比例计提，用于职工教育学习以提高文化技术水平的费用；
4.劳动保险费，即企业支付离退休职工的退休金或按规定交纳的离退休统筹金、价格补贴、医药费或医疗保险费、退职金、6个月以病假人员工资、职工死亡丧葬补助费及抚恤费、按规定支付离休人员的其他经费；
5.待业保险费，即企业董事会或最高权力机构及其成员为执行职能而发生的差旅费、会议费等。
水土保持补偿费收费标准
1.对一般性生产建设项目，按照征占用土地面积一次性计征，东部地区每平方米不超过2元(不足1平方米的按1平方米计，下同)，中部地区每平方米不超过2.2元，西部地区每平方米不超过2。5元。
对水利水电工程建设项目，水库淹没区不在水土保持补偿费计征范围之内。
2.开采矿产资源的，建设期间按照征占用土地面积一次性计征，具体收费标准按照本条第一款执行。开采期间，石油、天然气以外的矿产资源按照开采量(采掘、采剥总量)计征。石油、天然气根据油、气生产井(不包括水井、勘探井)占地面积按年征收，每口油、气生产井占地面积按不超过2000平方米计算;对丛式井每增加一口井，增加计征面积按不超过400平方米计算，每平方米每年收费不超过2元。各地在核定具体收费标准时，应充分评估损害程度，对生产技术先进、管理水平较高、生态环境治理投入较大的资源开采企业，在核定收费标准时应按照从低原则制定。
3.取土、挖砂(河道采砂除外)、采石以及烧制砖、瓦、瓷、石灰的，根据取土、挖砂、采石量，按照每立方米0.5-2元计征(不足1立方米的按1立方米计)。对缴纳义务人已按前两种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
4.排放废弃土、石、渣的，根据土、石、渣量，按照每立方米0.5-2元计征(不足1立方米的按1立方米计)。对缴纳义务人已按前三种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
上述各类收费具体标准由各省、自治区、直辖市价格主管部门、财政部门会同水行政主管部门根据本地实际情况制定。
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