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国务院2007年印发的《节能减排综合性工作方案》提出：“要抓紧出台资源税改革方案，改进计征方式，提高税负水平。”为此，针对我国资源税费的现状和问题，应进一步改革和完善我国资源税费制度。
完善矿产资源的有偿使用制度。以有偿制取代无偿制，促进矿产资源产品合理价格体系的建立，是资源税费改革思路的重要前提。资源有偿使用改革的基本思路是：要以建立矿业权有偿取得和资源勘察开发合理成本负担机制为核心，逐步使矿业企业合理负担资源成本，矿产品真正反映其价值。
具体包括：进一步推动矿业权有偿取得；中央财政建立地勘基金，建立地勘投入和资源收益的良性滚动机制；建立矿区环境和生态恢复新机制，督促矿业企业承担资源开采的环境成本；合理调整资源税费政策，促进企业提高资源回采率和承担资源开采的安全成本；不断完善矿业权一级市场，加强资源开发和管理的宏观调控。
当然，资源有偿使用制度的推行难度很大，是一项量大、面广的工作，可以在试点的基础上逐步推行。税费并存，发挥各自不同的调节作用。税、费本质上是不同的，其作用也是不同的。在我国经济社会环境下，一味追求税费合一，不一定是明智的选择。在今后较长的一个时期内，税费并存应是我国资源税费制度改革的一个基本思路。
一是资源税作为普遍调节的手段，其主要作用是调节资源的级差收益，促进资源的合理开发，遏制资源的乱挖滥采，使资源产品的成本和价格能反映出其稀缺性。同时，通过征税，也为政府筹集治理环境的必要资金，维护代际公平。
二是权利金或特别收益金作为特殊调节手段，其主要作用是调节暴利，维护国家的权益和社会公共利益。当然，权利金或特别收益金并非只针对石油，对一些价格暴涨的矿产资源产品(如铜、钨等有色金属)也应适时开征权利金或特别收益金。
三是矿产资源补偿费作为专门的调节手段，其主要作用是保障和促进矿产资源的勘察、保护与合理开发，提高对矿产资源的有效利用率，控制资源开采过程中的“采富弃贫”现象。因此，回采率是征收矿产资源补偿费的一项基本依据。
四是探矿权使用费、采矿权使用费作为行政性收费，其主要作用是促进矿业主管部门的管理和监督，加强对矿业企业勘查、开发的科学指导。
进一步深化现有资源税费制度改革。就资源税改革而言，主要是针对现行资源税制度存在的计征办法不适用、计税依据欠合理、征税范围偏窄的问题进行改革或调整。具体来说，主要内容应该包括：
一是改革计征方法，将“从量征收”改为“从价征收”，以产品金额为单位乘以一定的税率来计算税额。在能源价格不断上涨的背景下，将税收与资源市场价格直接挂钩能够起到更大的调节作用。
二是提高税负水平，即在现有税负水平基础上进一步提高税率。
三是扩大征收范围，将水资源、森林资源、草场资源等纳入征收范围。
四是将回采率或者资源开采后污染的处理情况与资源税的税率水平联系起来，制定鼓励回收利用的优惠政策。
其他各项资源收费的改革应主要包括：
一是制定并规范权利金或特别收益金的征收管理办法，以便中央政府能够依法调整权利金或特别收益金的征收范围和征收费率。
二是调整矿产资源补偿费的费率，探索建立矿产资源补偿费浮动费率制度。
三是适当调整探矿权、采矿权使用费收费标准，建立和完善探矿权、采矿权使用费的动态调整机制。
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