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尽管近年来房地产企业所得税管理制度不断修改、补充和完善，但目前仍有部分规定不明朗、不清晰，导致政策执行过程有争议、执行结果有差异。这样既削减了税收政策的严肃性，也给征纳税双方均带来较大困扰。主要疑点和难点问题有：
1、预缴方式能否采取除按当年实际利润据实预缴之外的方式。
企业所得税法实施条例规定，“企业分月或者分季预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度的实际利润额预缴；按照月度或者季度的实际利润额预缴有困难的，可以按照上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。预缴方法一经确定，该纳税年度内不得随意变更。”可见，按月度或者季度的实际利润额预缴应当是最基本的预缴方式。 国 税 函 [ 2 0 0 8 ] 2 9 9 号 文件中对未完工前采取预售方式销售取得的预售收入规定的计税方法，也是针对据实预缴方式企业而言。新31号文第九条明确对销售未完工开发产品取得收入计税方法作出类似规定，这是否意味着只要有未完工开发产品销售收入，就需按据实预缴方式申报？
2、预缴期利润能否弥补以前年度亏损。
目前房地产企业所得税相关管理办法中，未提及这个问题。但国税函（2008）635号文对企业所得税月（季）度预缴纳税申报表填报说明中，明确“实际利润额”的核算口径为按会计制度核算的利润总额扣除以前年度待弥补亏损以及不征税收入、免税收入。如此是否意味房地产企业预缴期利润能够弥补以前年度亏损？
3、预缴期当期应纳税所得额如何计算。
新31号文第九条规定，企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季（或月）计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。关于计算应纳税所得额时允许扣除的项目，此条款中未予明确。旧31号文中则明确“……扣除相关期间费用、营业税及附加后再计入当期应纳税所得额”，而在江苏省国税局针对新31号文补充下发的 苏 国 税 发 [ 2 0 0 9 ] 7 9 号 文中，指出“……允许扣除营业税金及附加、土地增值税。”那么，当期应纳税所得额允许扣除项目究竟包括哪几项？
4、未完工开发产品取得的收入是否作为计提广告费、业务宣传费和业务招待费的基数。
新31号文件中对该问题未明确提及。旧31号文中明确规定不可以，只有至预售收入转为实际销售收入时，才能将其作为这三项费用的计算基数。但是， 苏 国 税 发 [ 2 0 0 9 ] 7 9 号 文第七条明确规定，“2008年1月1日以后销售未完工开发产品取得的收入，可以作为计提业务招待费、广告费和业务宣传费的基数”。
5、少预缴企业所得税是否具有法律责任。
少预缴企业所得税的法律责任问题，在近几年出台的所得税管理文件中均未涉及。追溯至《 国 家 税 务 总 局 关 于 在 企 业 所 得 税 预 缴 中 对 偷 税 行 为 如 何 认 定 问 题 的 复 函 》（ 国 税 函 [ 1 9 9 6 ] 8 号 ），明确指出，“预缴是为了保证税款均衡入库的一种手段。企业的收入和费用列支要到企业的一个会计年度结束后才能准确计算出来，平时在预缴中无论是按纳税期限的实际数预缴，还是按上一年度应纳税所得额的一定比例预缴，或者按其他方法预缴，都存在不能准确计算当期应纳所得税的问题。因此，企业在预缴中少缴的税款是不应作为偷税处理。”在《 国 家 税 务 总 局 关 于 企 业 未 按 期 预 缴 所 得 税 加 收 滞 纳 金 问 题 的 批 复 》（ 国 税 函 发 [ 1 9 9 5 ] 5 9 3 号 ）中明确指出，“对纳税人未按规定的缴库期限预缴所得税的，应视同滞纳行为处理，除责令其限期缴纳税款外，同时按规定加收入滞纳金。”但是，这十多年前的规范性文件在新征管法实施后是否仍旧生效呢？
上述争议问题，属于预缴过程中的不可回避的显性问题，实际操作中还存在若干易生歧义的涉税细节问题，对问题的不同理解和处理的不同方法，无疑会影响企业月（季）度预缴行为和纳税水平。
对上述疑难问题的思考和判断
（一）应当明确房地产开发企业只能采取按实际利润据实预缴的方式。房地产企业通常资金实力雄厚，项目整体利税水平高，一般属于当地重点税源企业，由于年度间销售、获利情况具有不均衡性，如允许企业按上一纳税年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，很可能造成当年销售火爆，却无应税所得额、无预缴税款的现象，从而导致当年税款的流失。
（二）应当明确预缴期利润能够弥补以前年度亏损。尽管目前房地产开发企业所得税专业性管理文件中，均未提及这个问题，但根据国税函（2008）635号文中“实际利润额”的核算口径说明，房地产企业预缴期利润应当能够弥补以前年度亏损。
（三）应当明确房地产开发企业预缴期计算当期应纳税所得额时允许扣除的具体项目。根据新31号文第十二条规定，“企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。”据此，可以明确在预缴期计算当期应纳税所得额时允许扣除企业发生的期间费用、营业税金及附加和土地增值税三项，因为企业所得税的计税依据为净所得，毛利额扣除这些税费后才能更接近于净所得。
（四）应当明确未完工开发产品取得的收入可以作为计提广告费、业务宣传费和业务招待费的基数。因为根据新31号第六条规定，企业通过正式签订《房地产销售合同》或《房地产预售合同》所取得的收入，应认为销售收入的实现，那么就应当按照《企业所得税法实施条例》第四十三、四十四条精神，按照规定将其作为基数计提相关费用。
（五）应当明确少预缴企业所得税具有一定的法律责任。尽管相对于纳税人的某一个完整纳税期限而言，在期中预缴的税款不一定是最终需要缴纳的税款，具有相对的不确定性，但是对于某一个预缴期而言，所预缴的税款完全可以根据规定方法计算确定。因此，企业故意少预缴企业所得税应当遵照新征管法第六十三条规定认定为偷税。同时，在年度汇算清缴时如发现企业预缴率小于一定比例（如70%）时也应认定为偷税，予以处罚或追究刑事责任。对于少预缴的所得税明确加收滞纳金。因为既然预缴税款属于纳税人缴纳税款的一种方式，那么如少缴所得税，也应当遵守新征管法第三十二条规定，按日加收滞纳金。
（六）建议进一步修改完善企业所得税月（季）度预缴纳税申报表。企业所得税纳税申报表是企业所得税相关法律、法规的缩影，通过纳税人的纳税申报，理当能够全面、准确、及时地向税务机关列示和陈述过去所发生的所得税涉税事项和纳税业务。但是现行企业所得税月（季）度申报表过于简洁，指标过少且基本逻辑关系缺乏。这无疑给企业不如实履行预缴申报义务提供可乘之机，也加大税务机关的监管难度。因此，建议丰富、充实预缴申报表的填报内容，合理增加申报指标和信息，以增强企业所得税预缴申报的严肃性和实效性。
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