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造成国家税款难以执行。
4、税务稽查与税务管理性检查衔接不强，执法缺乏公正性和严肃性。突出表现在多头稽查、重复稽查的现象较为普遍，往往出现一项检查刚完，专项检查又来了，管理性检查刚完，专案稽查又来了的现象，纳税人不堪其扰；稽查对象的选择上缺乏标准，对经济效益好的企业往往稽查较多，对经济效益差的企业稽查较少，使检查失去了公正性，加上个别稽查人员执法随意、以言代法现象的存在，严重影响了税务稽查在社会公众中的形象。同时，由于税务稽查对证据资料的收集缺乏统一的标准，造成了对同一个纳税人的检查，稽查人员收集的证据不尽相同，由于证据的详细程度不同，往往会得出不同的稽查结果。比如：对某企业纳税人进行检查，该企业账面处理符合税收制度的要求，A检查组认为需要检查账外资料，注重对账外资料的收集，从而查出一系列偷税证据；而B检查组认为对企业“查账查账，就账查账”，从而未发现偷税问题（抛开其它因素的影响）。作为税务机关来讲，虽然得出两种结论，但B检查组也无过错，该企业账面处理正常，也没有哪条哪款规定对每个纳税人都要检查账外资料，况且还有查到查不到的问题，这些都使税务稽查的严肃性受到考验。
5、税务稽查处罚力度小，威慑作用还不够大。在西方一些税务稽查效能较高的国家，纳税人一听说税务稽查人员要找上门来，往往会十分紧张，这说明这些国家的税务稽查具有很强的震慑力。而在我国，税收违法行为比较普遍，由于处罚力度的限制，纳税人对税务稽查人员上门检查不以为然，偷税甚至在少数纳税人眼中是“精明能干”行为。据一线税务稽查人员称，一些涉税违法犯罪份子，对一些已经确凿的证据，在税务人员对其进行询问时，他能“舌生莲花”，乱说一通，怎么好怎么说；但当公安人员对其进行询问时，他则如实反映，经常造成税务与公安检查结果的不一致。对于那些屡查屡犯的纳税人，稽查也未对他们的违法行为起到强有力的威慑作用。特别是一些典型的案件，曝光遇到阻力，这些都严重削弱了税务稽查的威慑力量。
6、税务稽查信息化水平不高，信息畅通还没有真正实现。一是受企业财会软件开发应用程度的影响。特别是许多企业成本核算全是手工记账或自制软件，税务稽查软件变成了“高射机枪打蚊子”。二是税务机关本身对计算机协查运用不到位。现行的协查只能是增值税专用票的网上协查，而对所谓“四小票”，即废旧物资销售发票、海关完税证、运输发票、农副产品收购凭证的协查，只能通过手工发函的形式，造成回函时间长或干脆没有回函的现象，影响稽查质量。三是国、地税两套机构的设置，造成信息不流畅。有的企业增值税在国税管辖，而企业所得税在地税管辖，增值税被国税查处后，有的甚至已被移送公安处理，但对不符合规定的发票，由于分属两个部门，信息未及时传递，地税机关未作所得税方面的处理。而对于相同企业，其增值税、企业所得税都在国税机关管辖，国税机关对两方面都可进行处理，从而造成对相同企业的处理不相同。
四、强化税务稽查职能作用的措施
1、准确把握稽查职能，改变稽查考核机制。确立税务稽查职能定位，尽快转变观念，树立正确的打击型税务稽查指导思想。一是由收入型稽查向执法型稽查转变。由考核收入型向考核单个案件质量型转化；二是由普查型稽查向重点打击型稽查转变。弱化稽查的收入职能，以科学选案、规范查案、严格执法、依法稽查为工作导向，推动税务稽查执法水平的提高。三是切实抓好管理税务管理性检查与税务稽查的衔接，向专业职能型稽查转变，重点突出稽查的打击惩处功能，维护税法尊严。
2、完善一级稽查模式，实现稽查机构的专业化。一级稽查的模式是税务征管改革进程中的一种体制改革，重点突出大要案的检查。专业化是指由税务稽查机构负责专案稽查工作，日常稽查、专项稽查划归管理部门负责，这样有利于实现税务稽查的专业化、规范化，提高稽查工作效率。从体制上改变目前多头稽查、重复稽查的现象，减少地方政府的干预，保证税务稽查工作执法的严肃性。
3、提高选案科学性，建立选案积分制。可以借鉴国外比较成熟的选案方法，综合纳税人的收入、利润、税收变动情况、纳税人异常行为、未被稽查时间长短等各方面因素，按一定的计分标准，常年滚动给纳税人计分，当纳税人的积分超过既定的界限时，列入案源库。通过这种方法进行选案，可以更加客观、动态地反映纳税人遵守税法的状况，避免多重标准选案造成的多头稽查、重复稽查问题。
4、建立规范化、标准化的稽查工作方法，强化案件证据的规范性。建立一整套的稽查工作方法和思路，利用案例式的方法，对一种税务违法行为的查处，建立证据规范的体制，强化税务稽查人员的取证意识，使取得的证据能直接为处理结果服务。
5、建立信息传递机制，提高信息化应用水平。税务稽查的信息化，就是要在稽查工作中贯彻“科技加管理”的方针，目的是实现稽查工作的科学、规范、高效。一是加快建立规范统一、功能完善信息系统。由国家税务总局结合税收征管软件的建设抓紧开发统一的、具有良好兼容性和功能齐全的稽查软件，可以为稽查人员提供政策法规查询、稽查案例剖析、稽查技能培训等多方面的资讯服务。二是大力开发现有的计算机资源，建立国、地税合用税务稽查协查系统，使“四小票”的协查工作能上机操作，确保稽查质量；建立国、地税稽查处理信息网上传递制度，确保稽查结果。
6、建立案件公示制，发挥警示教育作用。公示制度一方面可以使稽查行政透明化，维护纳税人合法权益，强化稽查案件有关人员的责任，强化公众的监督，促进规范稽查行为，另一方面也是对违法纳税人的惩戒，有利于提高稽查的威慑作用，税务稽查机关应当对每一个大要案都进行公示。
7、建立稽查人员培训制度，最终实现稽查人员的等级制。任何工作都要靠人来完成，现有的稽查干部都是从过去征管一线上来的，虽然熟悉税收情况，但税务稽查是一个复杂的涉及面比较广的工作，它涉及到财会、管理、法律、工商、计算机软件等方方面面，而这此人才也是目前各级税务机关比较紧缺的人才，所以，从目前来看，要引进专业人才，并加强现有稽查人员的培训，实行自愿式的等级考试，提高稽查人员的综合素质，练出一支支稽查“精兵”。对达到一定等级的稽查人员，以省为单位，以稽查个案为标准进行配备使用。
总之，只要我们始终按照“依法治税，从严治队，科技加管理”的治税方针，各个环节相互配合、相互协调、相互衔接、相互制约，一方面建立规范化的操作方法，强化稽查打击职能，另一方面强化法制意识，推进税收法制化进程，就能真正体现税务稽查工作在现代税收征管中“重中之重”的地位，保障税收收入，维护税收秩序，促进全民依法纳税，保证税法的全面实施。
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