《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。在企业合并重组中，如果被合并企业存在亏损，则可以有条件的限额弥补。
《企业重组业务企业所得税管理办法》（国家税务总局公告2010年第4号）第二十六条规定，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，是指按《税法》规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。
一般性重组是在企业并购交易发生时，就要确认资产、股权转让所得和损失，按照交易价格重新确定计税基础，并计算缴纳企业所得税的重组。特殊性重组是指符合一定条件的企业重组，在重组交易发生时，对股权支付部分，以企业资产、股权的原有成本为计税基础，暂时不确认资产、股权转让所得和损失，也就暂时不用纳税，将纳税义务递延到以后履行。
企业符合财税[2009]59号文件规定的特殊重组的条件，可以享受特殊重组的税收优惠。企业重组符合规定条件的，交易各方对其交易中的股权支付部分，可以按以下规定进行特殊性税务处理：企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
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