(一)联网系统参与主体不全，增加了账务处理难度，制约了信息资源的共享利用。目前运行的部分税库银联网系统只有国税、国库、银行三个参与主体，财政、地税等征税主体还没有参与其中。在这种情况下，一方面，对国库部门来说．国税预算收人信息可以通过联网系统采集数据．而地税、财政部门的预算收人和预算支出信息只能通过票据交换提供纸质凭证，逐笔录人到国库核算系统，以办理预算资金的收人和支出，使国库部门的业务核算既需要从联网系统采集数据，又需要手工录人税收缴款书、拨款凭证等纸质凭证。账务处理繁琐，容易发生差错；另一方面．联网系统的信息资源难以健全，影响了有关部门对经济信息数据的采集和利用。
(二)联网系统多部门分别开发，数据对接难以协调。目前税库银联网系统主要由国税子系统、国库子系统、通讯子系统以及银行业务处理系统组成。各子系统分别由不同部门开发，银行业务处理系统也是由各银行自行设计开发，开发流程和系统接口各不相同，各系统之间数据对接不够协调．增加了业务处理难度和环节。如联网系统根据业务核算需要设置了更正处理功能，但国库部门业务核算系统缺少更正业务数据接口，办理税收更正业务需要税务部门提供更正通知书等相关资料，先手工录人到国库业务核算系统．再将更正信息通过税库银联网系统返还到税务部门，人为增加了业务环节。
(三)联网系统的部分功能不够完善，亟待进一步改进。如联网系统不能对“一票多税” 情况进行识别，若税务部门在一张税票上录人多个税种．则联网系统在进行税款销号人库时，不能进行有效识别，而是将合计金额全部归计到一个税种中，造成国库人库金额与国税部门征收金额按预算科目核算数据不一致。
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