根据新《营业税暂行条例》第十一条规定，建筑业的总包人不再被规定为分包人的扣缴义务人，建设方与总包方均不再是分包方建筑业营业税的扣缴义务人，分包方应自行于劳务发生地缴纳税款。
根据新《营业税暂行条例》第五条第二款的规定：“纳税人将建筑工程分包给其它单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其它单位的分包款后的余额为营业额；”那么对总包方而言是可以差额纳税的，具体到开具发票的问题，总包工程款为1000万元，其中分包为100万元，通常的处理模式应为：总包人向建设单位开具1000万元的发票进行工程结算，分包方向总包方开具100万的发票进行分包工程结算，然后总包将分包开来的发票进行营业额抵减并申报纳税。
实践中为征收管理需要，税务机关也可能会采取委托建设方代扣总包方和分包方的税款的办法。
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