有进出口经营权的商品流通企业（包括商业、粮食、外贸、物资供销、医药商业、供销合作社等），按其经营方式的不同，其进出口业务可以分为自营和代理两大类。不同的经营方式下的进出口业务，有关关税核算的方法和内容也不一样。
（一）自营进出口业务关税的核算
商品流通企业自营进口业务所计缴的关税，在会计核算上是通过设置“应交税费——进口关税”和“材料采购”账户加以反映的。应缴纳的进口关税，借记“材料采购”，贷记“应交税费——进口关税”；实际缴纳时，借记“应交税费——进口关税”，贷记“银行存款”。也可不通过“应交税费——进口关税”账户，而直接借记“材料采购”账户，贷记“银行存款”、“应付账款”等账户（出口业务会计处理亦然）。
商品流通企业自营出口业务所计缴的关税，在会计核算上是通过设置“应交税费——出口关税”和“主营业务税金及附加”账户加以反映的。应缴纳的出口关税，借记“主营业务税金及附加”，贷记“应交税费——出口关税”；实际缴纳时，借记“应交税费——出口关税”，贷记“银行存款”。
【例１】某外贸企业从国外自营进口商品一批，CIF价格折合人民币为400000元，进口关税税率为40％，代征增值税税率17％，根据海关开出的专用缴款书，以银行转账支票付讫税款。计算应交关税和材料采购成本如下：
应交关税＝400000×40％＝160000（元）
材料采购成本＝400000＋160000＝560000（元）
代征增值税＝560000×17％＝95200（元）
做会计分录如下：
计提关税和增值税时：
借：材料采购　　　　　　　　　　　　　　 560000
贷：应交税费——进口关税 　　　　　　　　160000
应付账款 　　　　　　　　　　　　　　400000
支付关税和增值税时：
借：应交税费——进口关税 　　　　　　　　160000
贷：银行存款 　　　　　　　　　　　　　　160000
借：应交税费——应交增值税（进项税额） 　95200
贷：银行存款　　　　　　　　　　　　　　 95200
商品验收入库时：
借：库存商品 　　　　　　　　　　　　　　560000
贷：材料采购　　　　　　　　　　　　　　 560000
【例２】某进出口公司代理某工厂出口一批商品。我国口岸FOB价折合人民币为360000元，出口关税税率为20％，手续费为10800元。某公司应作会计分录如下：
借：材料采购 　　　　　　　　　　　　　　797414
应交税费——应交增值税（进项税额）　　135560
贷：银行存款（或应付账款） 　　　　　　　　932974
【例3】某进出口公司自营出口商品一批，我国口岸FOB价格折合人民币为720000元，出口关税税率为20％，根据海关开出的专用缴款书，以银行转账支票付讫税款。计算出口关税如下：
出口关税＝720000／（1＋20％）×20％＝120000（元）
做会计分录如下：
借：营业税金及附加 　　　　　　　　　　　120000
贷：应交税费——出口关税 　　　　　　　　120000
（二）代理进出口业务关税的核算
代理进出口业务，对受托方来说，一般不垫付货款，大多以收取手续费形式为委托方提供代理服务。因此，由于进出口而计缴的关税均由委托单位负担，受托单位即使向海关缴纳了关税，也只是代垫或代付，日后仍要从委托方收回。
代理进出口业务所计缴的关税，在会计核算上也是通过设置“应交税费”账户来反映的，其对应账户是“应付账款”、“应收账款”、“银行存款”等。
【例4】某单位委托某进出口公司进口商品一批，进口货款2550000元已汇入进出口公司存款户。该进口商品我国口岸CIF价格为USD240000，进口关税税率为20％，当日的外汇牌价为USD1＝RMB8.64，代理手续费按货价2％收取，现该批商品已运达，向委托单位办理结算。
计算该批商品的人民币货价如下：
240000×8.64＝2073600（元）
计算进口关税如下：
2073600×20％＝414720（元）
计算代理手续费如下：
2073600×2％＝41472（元）
根据上述计算资料，该进出口公司接受委托单位贷款及向委托单位收取关税和手续费等。作会计分录如下：
收到委托单位划来进口货款时：
借：银行存款 　　　　　　　　　　　　　2550000
贷：应付账款——××单位 　　　　　　　　2550000
对外付汇进口商品时：
借：应收账款——××外商 　　　　　　　　2073600
贷：银行存款 　　　　　　　　　　　　　2073600
支付进口关税时：
借：应付账款——××单位 　　　　　　　　414720
贷：应交税费——进口关税 　　　　　　　414720
借：应交税费——进口关税 　　　　　　　414720
贷：银行存款 　　　　　　　　　　　　　414720
将进口商品交付委托单位并收取手续费时：
借：应付账款——××单位 　　　　　　　　2115072
贷：代购代销收入——手续费 　　　　　　　41472
应收账款——××外商 　　　　　　　　2073600
将委托单位剩余的进口货款退回时：
借：应付账款——××单位　　　　　　　　 20208
贷：银行存款 　　　　　　　　　　　　　20208。
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