商品流通企业会计核算的方法有采购成本核算、销售成本的核算及商品流通费用的核算。
一、商品流通企业会计核算的方法
1、采购成本核算
对于采购过程中发生的物资毁损、短缺等，除合理的损耗作为商品的“其他可归属于商品采购成本的费用”计入采购成本外，应区别不同情况进行会计处理：
应从购货单位、外部运输机构等收回的物资短缺或其他赔款，冲减物资的采购成本;
因遭受意外灾害发生的损失和尚待查明原因的途中损耗，不得增加物资的采购成本，应暂作为待处理财产损溢进行核算，在查明原因后再作处理。
2、销售成本的核算
通常情况下，企业应按从购货方已收或应收的合同或协议价款确定销售商品的收入金额。下面简易介绍一下托收承付下销售商品的处理。
托收承付是指企业根据合同发货后，委托银行向异地付款单位收取款项，由购货方向银行承诺付款的销售方式。
借：应收账款
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税(销项税额)
借：主营业务成本
存货跌价准备(已销售商品中包含的减值损失)
贷：库存商品
如果商品已经发出且办妥托收手续，但由于各种原因与发出商品所有权有关的风险和报酬未转移的，企业不应确认收入。
借：发出商品
贷：库存商品
若增值税纳税义务已经发生
借：应收账款
贷：应交税费——应交增值税(销项税额)
3、商品流通的核算
按照商品具有使用价值和价值两种属性的理论，商品核算应该既要反映商品的使用价值，又要反映商品的价值。反映商品的使用价值，要对商品分类进行实物数量核算，反映各种商品数量进、销、存增减变化情况;反映商品的价值，要以货币为计量单位，反映商品进、销、存金额的增减变化情况。商品的数量核算和金额核算是互相联系的。
二、加强商品流通企业隐性机会成本管理
隐性机会成本是在商品流通企业会计核算中没有反映，但在物流成本管理决策中必须要考虑到的机会成本，它是管理会计领域中的成本概念。隐性机会成本主要是指在企业的物流系统运转过程中，各个系统组成部分之间存在的效益背反现象，因一个系统要素的增益而减损其他系统要素，导致了整个系统的运转不能发挥最大功效而达不到最优效益。
1.充分考虑存货资金占用成本，确定合理的库存商品量。
存货资金占用成本=存货账面余额(存货占用企业自有资金)×行业基准收益率
存货账面余额要考虑已计提的存货跌价损失准备的金额。行业基准收益率如无法取得可以用一年期银行贷款利率或企业内部核定的收益率来替代。在商品流通企业的营运过程中，根据已取得的商品销售合同、订单，确定合理的商品供应量，再根据需要供应的数量加以采购，计算存货占用资金成本，对企业的采购、销售活动进行决策，降低企业库存积压降价处理损失风险、降低缺货损失风险等。在期末将各期的存货资金占用成本加以比较分析，确定资金占用成本与物流总成本之间的线性关系，以便能按照最优的方式组织采购和销售，加速企业资金周转，达到以最少的资金成本和物流成本获取最大的收益。
2.提高运输决策的科学性，确定合理化运输模式。
在商品流通企业物流成本中运输成本占比重较大，实施合理化运输无疑是减少浪费、提高效能的根本，这就需要提高运输计划的科学性，在运输方式的选择、运输路线的优化、运输计划的编制及运输能力的配备等问题上作出妥善的考虑和安排。如在路线的选择中，运用最短路线算法，大多根据距离来进行，但运输路线最短并不是最优的选择，要考虑两地交通便利条件、路面状况、两地距离和运送成本。因此，选择期望的运输方式时，至关重要的问题是在平衡运输服务水平的前提下，按照成本最低的原则选择合适的路线和运输方式。
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