一、代理纳税审查的基本内容
1.审查其核算是否符合《企业财务通则》和分行业财务制度及会计制度。
2.审查计税是否符合税收法规，重点是审查计税依据和税率。
3.审查纳税人有无不按纳税程序办事，违反征管制度的情况。
二、会计报表的审查
审查会计报表是纳税审查的重要环节，在通常情况下，纳税审查是从审查和分析会计报表开始的，以了解纳税人经济活动的全部情况，同时，通过对各种报表的相关指标及相互关系的审查分析，可发现存在的问题，进一步确定审查的重点。
(一)资产负债表的审查
1.对流动资产各项目的审查与分析
若流动资产实际占用数增长过快，则应注意是因材料或商品集中到货或因价格变动等因素引起，还是由于管理不善、物资积压、产品滞销或者是虚增库存成本所造成，以便进一步分析企业有无弄虚作假、乱挤成本等问题。
2.对长期投资、固定资产、无形及递延资产的审查与分析
固定资产的审查分析，首先是了解资产增减变动的情况，其次，在核实固定资产原值的基础上，应进一步核实固定资产折旧额，审查企业折旧计算方法是否得当，计算结果是否正确。
对"在建工程"项目的审核，应注意了解企业有无工程预算，各项在建工程费用支出是否核算真实，有无工程支出与生产经营支出混淆情况等。
注意企业有无将不属于开办费支出的由投资者负担的费用和为取得各项固定资产、无形资产所发生的支出，以及筹建期间应当计入资产价值的汇兑损益、利息支出等记入"递延资产"账户(提示：按照新会计准则应为"长期待摊费用"账户)的情况，并审核固定资产修理费支出和租入固定资产的改良支出核算是否准确，摊销期限的确定是否合理，各期摊销额计算是否正确。
(二)损益表
1.销售收入的审查
如果销售数量下降，应注意企业有无销售产品不通过"产品(商品)销售收入"账户(提示：按照新会计准则应为"主营业务收入"账户)核算的情况或企业领用本企业产品而不计销售收入的情况。
2.销售成本的审查
3.营业税金及附加的审查
由于销售收入与营业税金有密切的联系，两者成正比例地增减。
4.销售利润的审查
5.营业利润的审查
6.投资收益的审查分析
7.营业外收支项目的审查与分析
对于营业外收入，应注意企业有无将应列入销售收入的款项或收益直接记作营业外收入，漏报流转税额。
(三)现金流量表的审查
应注意对现金流量表的有关项目数字来源及计算的正确性，即主要核对经营活动、投资活动和筹资活动产生的现金流量。
三、会计账簿的审查与分析
(一)序时账的审查与分析
(二)的审查与分析
企业查账的重点应放在明细账簿的审查上。
(三)明细分类账的审查与分析
1.分析总分类账和明细分类账记录是否吻合。
2.审查明细账的业务摘要，了解每笔经济业务是否真实合法，若发现疑点应进一步审查会计凭证，核实问题。
3.审查各账户年初余额是否同上年年末余额相衔接。
4.审查账户的余额是否正常，计算是否正确，如果出现反常余额或红字余额，应注意核实是核算错误还是弄虚作假所造成的。
5.审查实物明细账的计量、计价是否正确，有无将不应计入实物成本的费用挤入实物成本的现象，发出实物时，有无随意变更计价方法的情况。
四、会计凭证的审查与分析
(一)原始凭证的审查
2.审查有无技术性或人为性的错误。注意资本性支出与收益性支出等，有无因此而影响当期或后期计税所得额的情况。
3.审查有无白条入账的情况。要注意有无白条作支出凭证的情况。
(二)记账凭证的审查
1.审查所附原始凭证有无短缺，两者的内容是否一致。
2.审查会计科目及其对应关系是否正确。
3.记账凭证的会计科目与原始凭证反映的经济业务内容是否相符。
五、不同委托人代理审查的具体内容
(一)代理审查按流转额征税税种的主要内容
(二)代理审查按所得额征税税种的主要内容
(三)代理审查按资源、财产、行为征税税种的主要内容。
