案情简介：近日，南京地税局税务人员在风险应对中发现，某房地产开发公司的项目中，应缴纳基础设施配套费约3亿元，公司将这笔费用进行了计提，并在土地增值税清算中扣除。但是，税务人员发现这笔费用中约90%的款项并未实际支付。对此，税务人员向企业人员讲解了相关政策，对该项目的房地产开发成本予以调减，并补征了少缴的土地增值税。
税务分析：根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第四款的规定，房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
因此，虽然该项目的基础设施配套费已经预提，但是如果清算时尚未实际支付，则不得在土地增值税清算中列入房地产开发成本进行扣除。