1.循序渐进的原则“费改税”涉及到沿革多年既得利益格局的调整，改革既要积极。又要稳妥，先易后难，重点突破。改革方案要总体设计，复杂问题尽量简化处理，每一改革项目文件出台都需经过反复论证，对涉及全局性的改革(如社会保障税、燃油税开征等)应在试点的基础上总结经验，逐步推行。
2.规范政府财政分配秩序的原则“费改税”应根据税费特征及对收费中规费、使用费及其他“无序”的费的区别，按照政府财政资金的需要量全面衡量，征税与收费不能混淆越位；对于不规范的制度外收费应予取消，并通过法律规范政府财政分配秩序，以有效遏制“无序”的乱收费死灰复燃。
3.增加财政收人，兼顾中央与地方政府利益的原则我国目前的财政收入状况是“两个比重”偏低：国家财政收入占GDP的比重过低和中央收入占国家财政收入的比重过低。税费改革是国家扭转“两个比重”偏低的重要契机，在税费改革中一是要通过理顺税费关系，科学划分中央税、地方税、共享税及确定合理收费的归属，确保中央财政收入逐年增长；二是财政转移支付手段应走出传统的“既得利益补偿”的旧框框，对基层政府由于税费改革所产生的合理的财政支出的资金缺口，实行自上而下的适度转移支付补偿。
4.减轻费务负担，便于征管的原则“费改税”的目的之一就是通过压缩政府收费规模，减轻、平衡民众费务负担，规范政府税费分配。在“费改税”方案上，一方面力求全国或区域税费负担的公平合理，另一方面新规定的税收、收费法规尽可能做到条文规定透明度强、征收范围明确、计算简便、易于征管。
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