1.传统的审计方法。在经济效益审计中，审计人员需要审核有关经济效益数据的真实性和可靠性，并要用到大量的财务数据。在审查影响经济效益的原因、挖掘潜力时也要运用某些传统审计的方法。传统审计的方法指过去用于财务审计的方法，包括审阅法、核对法、查询法、盘点法、调节法、鉴定法、观察法等。
2.经济活动分析方法。经济效益审计要审查经济效益的实现程度，检查和分析影响经济效益的原因，经常使用经济活动分析的方法，使用比较多的经济活动分析方法主要有因素分析法、比较分析法和平衡分析法。
3.图表审计方法。就是指利用各种图表或分析表格反映经济现象、揭示经济现象相互的依存关系的一种方法。利用图表审计方法，可以有助于评价经济效益的实现程度，分析影响经济效益的原因，有助于有针对性地提出审计建议和采取纠正行动。审计中可以运用的图表很多，常用的主要有调查表、排列图、因果关系图、系统图、流程图、网络图等。
4.数学分析方法。数学分析方法是经济效益审计中最重要的方法之一。前已述及，数学是经济效益审计方法的基础，很多审计技术方法都要以数学运算为基础。数学分析方法是指建立经济数学模型对生产经营和经营成果进行定量计算，可用作计划、预测和决策的审计。回归分析法、线性规划法、投入产出法等都是目前经常使用的数学分析方法。
5.现代管理方法。在现代企业经营管理中产生和运用了大量的现代管理方法。在经济效益审计中为了审查经济效益的实现程度，帮助被审单位挖掘潜力，提高经济效益，也经常要用到现代管理方法。审计人员运用现代管理方法，不是代替被审单位管理部门的工作，而是为了对被审单位的经济活动进行评价，提出审计建议。现代管理方法很多，审计人员经常使用的有本量利分析法、预测分析法、决策分析法、统筹法、价值工程和成本效益分析法等。
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