（一）被合并方股东的会计处理
1.企业处置长期股权投资时，应当相应结转与所售股权相对应的长期股权投资的账面价值。出售所得价款与处置长期股权投资账面价值之间的差额，应当确认为处置损益（计入当期投资收益）。
2.采用权益法核算的长期股权投资，原计入资本公积中的金额和确认的与资本公积相关的递延所得税，在处置时也应当进行结转，将与所出售股权相对应的部分在处置时自资本公积和确认的与资本公积相关的递延所得税转入当期投资损益。
（二）被合并方股东的税务处理
1.一般性税务处理。
（1）控股合并：在控股合并中，应当确认股权转让所得或损失，出售股权所得价款与投资成本之间的差额全额确认为股权转让所得，而不是区分为股息所得和投资转让所得，应当全额并入当期的应纳税所得额；
（2）吸收合并或新设合并、被合并方的股东需要进行所得税清算。被清算企业股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
2.特殊性税务处理。
（1）控股合并：被合并方股东取得合并方股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。即被合并方的股东无需确认股权转让所得或损失，无需交纳所得税。被合并方股东应确认股权转让所得或损失，但应根据企业合并不同方式确定是否需要进行所得税清算处理；
（2）吸收合并或新设合并：合并各方在选用特殊性税务处理规定的情况下，被合并方的股东取得合并方股权的计税基础，以其原持有的被合并方股权的计税基础确定。即被合并方的股东无需确认股权转让所得或损失，无需交纳所得税。被合并方股东既不需要确认股权转让所得或损失，也不需要进行所得税清算处理。
3.被合并企业的股东是自然人股东，则自然人股东在转让股权时应按股权转让所得缴纳个人所得税。在此基础上，需充分关注《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）的征管规定。
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