首先要区别补助来源，一般来说一次性伤残补助金由社保出。一次性工伤医疗补助金，一次性伤残就业补助金由单位出。
员工工伤医药费计入什么科目？
 
根据需计提人员的工作性质和来源作如下分录：
由社保出
收到时：
借：银行存款
贷：其他应付款(或应付职工薪酬)
支付时：
借：其他应付款(或应付职工薪酬)
贷：现金(或银行存款)
由企业出
计提时：
借：生产成本/销售费用/管理费用(入职工对应的相关费用)
贷：应付职工薪酬
支付时：
借：应付职工薪酬
贷：银行存款或现金
应付职工薪酬是企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬。
企业应当通过应付职工薪酬科目，核算应付职工薪酬的提取、结算、使用等情况。该科目的贷方登记已分配计入有关成本费用项目的职工薪酬的数额，借方登记实际发放职工薪酬的数额，包括扣还的款项等。该科目期末贷方余额，反映企业应付未付的职工薪酬。
工伤保险赔偿打款到单位还要扣税吗?
根据财政部、国家税务总局《关于工伤职工取得的工伤保险待遇有关个人所得税政策的通知》财税【2012】40号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅(局)、地方税务局，新疆生产建设兵团财务局：
为贯彻落实《工伤保险条例》(国务院令第586号)，根据个人所得税法第四条中经国务院财政部门批准免税的所得的规定，现就工伤职工取得的工伤保险待遇有关个人所得税政策通知如下：
1.对工伤职工及其近亲属按照《工伤保险条例》(国务院令第586号)规定取得的工伤保险待遇，免征个人所得税。
2.本通知第一条所称的工伤保险待遇，包括工伤职工按照《工伤保险条例》(国务院令第586号)规定取得的一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金、工伤医疗待遇、住院伙食补助费、外地就医交通食宿费用、工伤康复费用、辅助器具费用、生活护理费等，以及职工因工死亡，其近亲属按照《工伤保险条例》(国务院令第586号)规定取得的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等。
3.本通知自2011年1月1日起执行。对2011年1月1日之后已征税款，由纳税人向主管税务机关提出申请，主管税务机关按相关规定予以退还。
由此可以看出工伤赔偿款是不需要扣缴个人所得税的。
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