注册资本认缴登记制是工商登记制度的一项改革措施。对按照法律、行政法规和国务院决定需要取得前置许可的事项，除涉及国家安全、公民生命财产安全等外，不再实行先主管部门审批、再工商登记的制度。商事主体向工商部门申请登记，取得营业执照后即可从事一般生产经营活动;对从事需要许可的生产经营活动，持营业执照和有关材料向主管部门申请许可。将注册资本实缴登记制改为认缴登记制，并放宽工商登记其他条件。
自从公司注册资本实缴制改为认缴制后，对于股权转让原值的确认，特别是转让未实缴出资的股权，如何确认其取得股权的原值，也就成了征纳双方争议较大的问题。
案例
万利有限公司股东刘先生于2015年11月将其持有的该公司的25%股权（股东约定认缴现金资本300万元，刘先生占25%应出资75万元，实缴0元）以人民币0元转让给黄女士。万利有限公司注册资本300万元、实缴资本0元，2015年10月《资产负债表》列报：所有者权益100万元（实收资本为0元，未分配利润为100万元）。
对于刘先生本次转让股权的个人所得税问题，有两种意见：刘先生认为，其本次转让股权收入为0元，实缴资本也是0元，无转让所得，也就无需缴纳个人所得税。而主管税务机关认为，对于刘先生本次转让股权，应核定其转让收入征收个人所得税。
分析
国家税务总局2014年第67号公告发布的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（以下简称“税总67号公告”）对个人转让股权的个人所得税计算问题作了相应规定。
第十一条规定，对于申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。第十二条规定，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的，应视为股权转让收入明显偏低。第十四条规定，对于需要核定股权转让收入的，主管税务机关应依次按照净资产核定法、类比法以及其他合理方法核定股权转让收入。
第十五条和第十六条规定了“以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值”等六种确认个人转让股权原值的方法。
就本案而言，万利有限公司2015年10月《资产负债表》列报的净资产（所有者权益）为100万元，刘先生拥有目标公司25%的股权，所对应的净资产份额为25万元（100万元×25%=25万元）。刘先生以0元转让其所有的股权，明显低于其所有的股权对应的净资产份额，且不符合“税总67号公告”第十三条所列股权转让收入明显偏低行为“视为有正当理由”的四种情形中的任何情形之一。因此，应按“税总67号公告”的相关规定核定其本次股权转让收入并计算其转让所得。
关于股权转让的收入，“税总67号公告”第十四条规定的依次核定股权转让收入的三种方法中，*9序列为净资产核定法，即股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。本案中应按刘先生转让股权对应的净资产份额25万核定其股权转让收入25万元。
关于取得股权的原值，“税总67号公告”第十五条规定，对于以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认个人转让股权的原值。本案中刘先生为认缴现金出资75万元（300万元×25%=75万元）取得相应股权，但因其出资额并未实际到位即实缴出资为0元，也即取得股权时实际支付的价款为0元，因此其所转让股权的原值（不考虑转让费用）为0元。
据此，刘先生本次转让股权，应以股权转让收入减除取得股权时的原值和合理费用后的余额为应纳税所得额（股权转让所得），按“财产转让所得”缴纳个人所得税5万元。具体计算如下：
应纳税所得额=100万元×25%－0元=25万元；
应缴个人所得税=25万元×20%=5万元。
结论
对于股权转让行为，应当按照公平交易的基本原则确定股权转让收入。转让方因股权转让，在转让当期或后续期间获得的各种形式及名义的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益等均为股权转让收入。同时，现行税收政策对违反公平交易原则或不配合税收管理的纳税人规定了税收保障措施，即由主管税务机关依规定的核定方法顺序核定股权转让收入。
秉承计税基础相衔接的原理，取得股权的原值应按照纳税人取得股权时的实际支出进行确认。特殊情形下，按转增额或原持有人的股权原值或税务机关核定的前次转让方股权转让收入进行确认。从而使得整个转让环节前后衔接，避免重复征税。
在认缴登记制实行后，应按股东所转让股权份额与其认缴出资取得的全部股权份额的比例与实际缴付出资额之积计算所转让股权的原值。
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