在新的企业所得税法下，企业清算业务的企业所得税处理一直是大家非常关心的问题。虽然《中华人民共和国企业所得税法》第五十三条、第五十五条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十一条对企业所得税清算中涉及的事项做出了规定，但对于什么情况下应进行企业所得税清算，如何计算企业清算所得等具体问题规定的还不是很明确。而《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）对企业清算业务企业所得税的处理中的很多具体操作事项给出了非常明确的意见，非常值得我们关注。
企业清算业务的两个层面
我们以目前主流的具有法人资格的公司来看，一般公司是由股东投资成立的，这里的股东包括个人股东（个人投资者）和企业股东（企业投资者）。因此，当一个公司根据《公司法》的相关规定从无到有创立起来时，在企业所得税上实际上就产生了两个主体：
1、公司层面：依法创立的公司作为一个企业所得税纳税人，应就其生产经营所得依法缴纳企业所得税。
2、股东层面：在股东层面，创立该公司的企业投资者在企业所得税上也成为一个企业所得税纳税人，其应就其投资该公司所取得的股息所得和投资转让所得依法缴纳企业所得税。（个人股东则是根据个人所得税法的规定，就其投资的股息所得和投资转让所得依法缴纳个人所得税。）
既然公司的创立在企业所得税上产生了两个层面的主体，公司和公司的企业股东。因此，在公司的清算环节，企业所得税的清算也应该是两个层面主体的清算。一个是公司层面，即从事实体生产经营的公司应进行企业所得税的清算。二是股东层面，即公司的企业投资者也应进行投资行为取得的所得进行企业所得税清算。这就是我们所说的企业清算业务中的两个层面。
因此，我们在企业所得税清算环节，不能仅关注公司层面的清算，而忘记了股东层面的清算。这一点，《企业所得税法实施条例》第十一条规定得非常清楚：
企业所得税法第五十五条所称清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。
「注」*9款就是说的在公司层面，当公司在进行企业所得税清算时，如何计算清算所得，缴纳企业所得税。
投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。
「注」第二款说的就是股东层面，即在公司清算完成后，公司的企业股东如何确认其投资转让所得或损失，从而进行股东层面就该项投资行为的企业所得税清算。
财[2009]60号的“企业清算业务企业所得税处理”实际包含的是两个层面企业所得税清算处理的规定：一个是在公司层面，公司在清算时的企业所得税处理；另一个是在股东层面，其投资在清算时的企业所得税处理。这一点是我们在理解文件时首先需要注意的。
企业清算期的确定
根据《企业所得税法》的相关规定，企业应自实际经营终止之日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。同时，根据《国家税务总局关于企业清算所得税有关问题的通知》（国税函[2009]684号）的规定，企业清算时，应当以整个清算期间作为一个纳税年度，依法计算清算所得及其应纳所得税。
因此，我们要明确，企业在清算当期会涉及到两个紧密相连的纳税年度。从企业清算当年的1月1日至企业终止生产经营之日，为一个纳税年度，在该纳税年度，纳税人办理的是当期生产经营所得企业所得税的汇算清缴。而从企业终止生产经营之日至企业税务登记注销之日为清算期，清算期也作为独立的一个纳税年度，在这个纳税年度，纳税人办理的企业清算的所得税事项。在*9个纳税年度，我们是站在损益表观下，根据企业当期的收入、成本、费用计算应纳税所得和应纳企业所得税。而在第二个纳税年度，我们则需要站在资产负债表观的角度，根据企业在清算环节资产、负债的变动情况确定清算所得并计算相应的清算所得税。
对于这两个纳税年度的分界线“企业终止生产经营开之日”，可按如下原则确定：1、企业章程规定的经营期限届满之日；2、企业股东会、股东大会或类似机构决议解散之日；3、企业依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销之日；4、企业被人民法院依法予以解散或宣告破产之日；5、有关法律、行政法规规定清算开始之日；6、企业因其他原因解散或进行清算之日。S
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