2009年度企业所得税汇算清缴已经结束，2005年设立的位于S市的A生产性外商投资企业对于汇算结果仍存疑惑。A公司2006年进入获利年度，为扩大经营和市场占有率，2006年在Z市设立了分公司B于2007年获利；2007年在X市设立了分公司C于2008年获利，A、B、C三公司2009年一样按照20%的税率汇算清缴了企业所得税。
对于按照原外商投资企业所得税规定享受税收优惠的企业，国家专门规定有过渡性税收优惠。《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）规定，自2008年1月1日起，原享受低税率优惠政策的企业，在新税法施行后5年内逐步过渡到法定税率。其中：享受企业所得税15%税率的企业，2008年按18%税率执行，2009年按20%税率执行，2010年按22%税率执行，2011年按24%税率执行，2012年按25%税率执行；原执行24%税率的企业，2008年起按25%税率执行。
自2008年1月1日起，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
原政策规定，符合条件的生产性外商投资企业享受“两免三减半”所得税优惠。假设A、B、C均符合条件。A、C公司原执行税率15%、B公司原执行税率24%. A公司2006年度进入获利年度，2006年、2007年免征企业所得税。2009年减半征收企业所得税，原应享受15%税率，但根据国发[2007]39号规定应选择20%税率并减半征收。
B分公司2007年前适用税率按照《国家税务总局关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》（国税发[1997]49号）规定，其生产经营所得应适用该分支机构所在地同类业务企业适用的企业所得税税率，由其总机构汇总缴纳所得税。2009年B分公司应适用24%税率，根据国发[2007]39号规定应选择25%的法定税并减半征税。
C分公司2009年开始获利，但获利年度应自2008年算起，2009仍然处在免税期间，不用缴纳企业所得税。
为什么A、B、C总分公司适用税率及政策有一定差异呢？《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函[2010]157号）明确对外商投资企业设在我国境内不同税率地区的分支机构，其处于不同税率地区的分支机构可以单独享受所得税减低税率优惠的，仍可继续单独适用减低税率优惠过渡政策；优惠过渡期结束后，统一依照《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第十六条的规定执行。
所以C分公司2009年免税，A、B公司可以享受过渡政策优惠，而2010年A、C公司都将适用22%税率，2011年适用24%，到2012年都要恢复至法定25%税率计算企业所得税。不过“两免三减半”还可以适用到期的。
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