财政部、国家税务总局《关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号），对两法合并后居民企业之间取得的股息、红利所得的税务处理政策衔接问题进行了明确。该文第四条规定：2008年1月1日以后，居民企业之间分配属于2007年度及以前年度的累积未分配利润而形成的股息、红利等权益性投资收益，均应按照企业所得税法第二十六条及实施条例第十七条、第八十三条的规定处理；《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条第（二）项规定：符合条件的居民企业之间的股息红利等权益性投资收益为免税收入；《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定：企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第（二）项和第（三）项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益；《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十七条规定：股息、红利等权益性投资收益，是指企业因权益性投资从被投资方取得的收入。除国务院财政、税务主管部门另有规定外，按照被投资方作出利润分配决定的日期确认收入的实现。由此，居民企业2007年及以前年度累积的未分配利润，延迟至2008年1月1日以后再分配的，其他居民企业因此取得的股息、红利即作为免税收入，不用计算补缴企业所得税，该政策自2008年1月1日起执行。而在此之前，根据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）规定，凡投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税。除另有规定者外，不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账务上实际做利润分配处理（包括以盈余公积和未分配利润转增资本）时，投资方企业应确认投资所得的实现。
财政部、国家税务总局《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号），对两法合并后境外非居民企业（以下非居民企业均指境外外国企业）从居民企业取得的股息、红利税务处理政策衔接问题做出了规范。该《通知》第四条"关于外国投资者从外商投资企业取得利润的优惠政策"规定：2008年1月1日之前外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税；2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税；《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十一条规定：非居民企业取得企业所得税法第二十七条第（五）项规定的所得（包括股息红利所得），减按10%的税率征收企业所得税；国家税务总局《关于下发协定股息税率情况一览表的通知》（国税函[2008]112号）规定：我国政府同外国政府订立的关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定以及内地与香港、澳门间的税收安排，与国内税法有不同规定的，依照协定的规定办理；国家税务总局《关于执行税收协定股息条款有关问题的通知》（国税函[2009]81号）规定：如果税收协定规定的税率高于中国国内税收法律规定的税率，则纳税人仍可按中国国内税收法律规定纳税。可见，非居民企业从境内居民企业取得属2007年及以前年度的股息免征所得税；分配的属2008年度及以后年度的新增股息，按规定应缴纳企业所得税，适用税率以法定税率10%和税收协定税率“孰低”的原则确定。
举例
某居民企业A公司与境外非居民企业B公司于2002年在境内某经济特区合资注册成立一家生产性外商投资企业C公司，双方出资比例为6：4，即A公司出资60%、B公司出资40%.企业所得税率A公司适用30%、C公司适用15%，假定不考虑原地方所得税率。C公司2002年实现当年盈利，当年享受“二免三减半”优惠，2002～2006年实现税后利润1000万元，2007、2008两年分别实现税后利润200万元，上述税后利润均为提取盈余公积后的未分配利润，并且C公司自成立以来一直未作分配。2009年3月20日，C公司董事会决议确定：按2008年12月31日的账面累计未分配利润进行利润分配，试述A、B公司就分得利润应做的税务处理并分别计算应交的企业所得税。
分析
C公司2009年3月20日做出利润分配的决定，当时财税[2009]69号文尚未发布。按当时规定，A公司分回的属2007年及以前年度税后利润，除被投资企业在享受定期减免税优惠外，需还原为税前利润，按“税率差”补缴企业所得税。
（一）、A公司税务处理如下：
（1）对归属2002~2006年度利润进行分配的税务处理。因该期间C公司属享受“二免三减半”定期优惠期间，A公司分回的股利免予补缴企业所得税，A公司分得的税后利润=1000×60%=600（万元）。
（2）对归属2007年度利润进行分配的税务处理。A公司应按分得的税后利润还原为税前利润，再按两企业“法定”适用税率差补缴企业所得税，纳税义务确认时间按新法实施条例规定为：C公司作出利润分配决定的日期即：
2009年3月20.还原后的税前利润=200×60%/（1-15%）=141.18（万元）
应交所得税=141.18×（30%-15%）=21.18（万元）
（3）对归属2008年度的利润进行分配的税务处理。A公司分得的属2008年及以后年度的税后利润，按税法规定为“免税收入”。A公司应分得的2008年度税后利润=200×60%=120（万元），应交所得税为“0”。
（二）、B公司税务处理。B公司分得的属于2007年及以前年度的未分配利润，按规定免征所得税，免税股利=（1000+200）×40%=480万元；分配的属2008年度的未分配利润按规定应缴纳10%企业所得税（假设税收协定税率也为10%），税款由C公司代扣代缴并向C公司主管税务机关缴纳，应交所得税=200×40%×10%=8（万元）。
值得注意的是：财政部、国家税务总局《关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号）发布后，居民企业之间自2008年1月1日以后分配的无论是2007年及以前还是以后年度的税后利润，均为“免税收入”。A公司按原规定补缴的21.18万元所得税，可以要求主管税务机关“退回”或抵缴以后期间应交的企业所得税。
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