2010年全国税务稽查会议*9次将交通运输业纳入专项检查范围，而且是指令性检查项目，即必查项目。需要提醒的是，税收专项检查是税务稽查的日常工作，属于行业性检查，其选取行业对应税务稽查的两个职能即收入和惩戒，通过检查一方面能够组织收入，另一方面能够规范行业税收秩序。值得注意的是，自黑吉辽运输发票案之后，国税总局一直将运输发票纳入打击范围，经典的案件还包括四川泸州县运输发票案，而且检查的重点是在受票企业，特别是增值税一般纳税人取得虚假运输发票抵扣税款。针对检查发现的问题出台了系列政策，这其中最主要的包括《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）规范运输发票开具和抵扣，《国家税务总局关于全国范围内推行公路内河货物运输业发票税控系统有关工作的通知》（国税发[2006]163号）将运输发票放入防伪税控系统开具范围之内。而此次针对的是开票企业，即交通运输行业的检查，涉及的税种包含了交通运输行业的各项税种，主要为营业税和所得税。
交通运输业常见税收问题
从税收角度看，交通运输业涉及到地税5个税种。分别是：营业税、车船使用税、个人所得税、城建税、教育费附加。随着交通运输业的快速发展，交通运输业在税收中地位日益提高，但从多年的工作实践看，交通运输业存在的问题主要集中在以下几个方面：
1、纳税人主动申报率低，故意偷逃税款情况较严重，且手段隐蔽，方式多样。
交通运输业的特点是流动性强，车辆不容易被发现，分布比较分散，造成个体运输车辆尤其是个体出租车（小面包）、私家车、三轮摩托车申报率低究其原因，大部分私家车没有挂出租车牌照，对于此类车辆交管部门都难以治理。主动申报纳税的几乎为零，农村的营运三轮、拖拉机税源更是难以控管。大部分的车主抱侥幸心理，认为我不申报、也不纳税，税务部门查不出来算我占了便宜，查出来了就算倒霉。
2、公路运输经营场所与纳税地点的不一致，造成征管漏洞。
《中华人民共和国营业税暂行条例》规定：从事运输业务的纳税人应当向机构所在地税务机关申报纳税，但是，从当前公路运输经营方式来看，除少数客运公司和运输公司实行统一经营，集中管理，有比较稳定的经营场所外，其余大部分车辆，或租赁经营、或挂靠经营，或个体自主经营，一般无固定经营场所，其流动性、经营的隐蔽性非常强，主动向税务机关办理税务登记和申报纳税的只有极少数，征纳双方严重脱节，税源失控。由于税务机关缺乏有效的控管手段，营运车辆往往又常驻外地经营，车辆所在地税务机关客观上造成控管乏力，而经营地税务机关又无税收管理权，从而使部分车辆处于“两不管”地带，形成管理上的真空。
3、税务机关征管手段不利造成车辆税收流失，缺乏有效的源泉控管。
车辆的流动快，决定了运输行业税收难以检查，使征管法赋予税务机关的强制执行权和税收检查权不能切实落实到位。一方面大量车辆偷逃税款，另一方面税务机关征管不力，证据收集困难，但大部分车主对养路费、运管费等收费项目特别重视，他们知道不论跑到哪里，费是逃不掉的，原因很简单，养路费运管费在全国实行联查，不缴不行，车辆在全国公路上通行，无人问津是否偷漏了国家税款。
4、税负不均，地区间征收不同，造成车辆税收漏洞的又一重要因素。
对车辆税收的征收许多地方采取委托代征的方式，委托代征方式从法律上代征没有有效的监督制约措施，税款征收的随意性很大。税务机关定额高了，会出现“税挤费”现象，代征单位不愿接受，如果定低了，就造成税款的流失。目前各地在税收定额征收力度等方面差别很大，缺乏有效规范的制度，造成部分的个体运输户从税额高、控税严的地方流向税额低、控税松的地方，挂靠经营，逃避纳税。同时，各地为争夺税源相互降低税收定额现象时有发生，使国家整体税收遭受损失。
5、农村车辆征管手段落后，税源监控管理乏力。
由于交通运输业点多、量大面广、成份复杂，营运性车辆办成非营运性车辆、非营运性车辆从事营运的现象比较普遍。特别是农村的小客（货）车、拖拉机、摩托车等。在管理上有很大漏洞。
6、发票使用混乱，扰乱征管秩序。
由于发票使用不统一等管理问题及车主逃税心理原因，虚开、转借、使用假发票及白条发票、收款收据入帐现象严重，造成国家税收流失。
7、执法刚性弱化，处罚打击力度不够。
在属地征收与委托代征并存的形势下，各地主要集中在临近“双过半”或年终时搞突击，搞“短、平、快”，但往往由于时间紧，涉及面广，同一地区之间，执法不统一，处罚程度不
一；所与所之间税负不平衡，经常出现能收则收、难收则丢的情况，对逃税行为没有有效遏制办法，致使许多车主产生“能逃则逃、能拖则拖、能少缴就少缴”的心理。
交通运输业的税收政策
新企业所得税法颁布前交通运输业享受的税收优惠：
（1）新办交通企业《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[1994]001号）对新办的独立核算的从事交通运输业企业或经营单位，*9年免征所得税；第二年减半征收所得税。
（2）西部新办交通企业减免《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号），2001年1月1日起对在西部地区新办交通且项目业务收入占企业总收入70%以上的，可以享受企业所得税如下优惠政策：内资企业自开始生产经营之日起，*9年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税；外商投资企业经营期在10年以上的，自获利年度起，*9年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。
新办交通企业，是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业。
西部地区包括重庆市、四川省、贵州省、云南省、西藏自治区、陕西省、甘肃省、宁夏回族自治区、青海省、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团、内蒙古自治区和广西壮族自治区（上述地区以下统称“西部地区”）。湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延边朝鲜族自治州，可以比照西部地区的税收优惠政策执行。
（3）外资企业所得税《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第八条和《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十二条*9款第（八）项，对从事交通运输的外商投资企业，经营期在10年以上的，从开始获利的年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第3至第5年减半征收企业所得税。但属于石油、天然气、稀有金属、贵重金属等资源开采项目的，根据国务院规定不得享受上述减免税待遇。
《国家税务总局关于从事交通运输的外商投资企业界定问题的批复》（国税函发[94]383号）及《国家税务总局关于从事出租车等客运业务的外商投资企业适用税收优惠政策问题的批复 》（国税函[2004]945号）规定：《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十二条*9款第（八）项所说交通运输业，包括从事搬家、搬运业务的外商投资企业，但不包括从事函件物品（特快）传递业务的外商投资企业，不包括从事客运业务的外商投资企业，从事出租车、城市公共客运运输业务，不属于上述规定的企业所得税优惠的适用范围。
新企业所得税法颁布后交通运输业税收优惠：
新企业所得税法实施后，原有税收优惠相应取消，仅延续了民族自治地区政策，西部大开发的相关优惠规定，且政策口径有所变化：
（1）民族自治地方《企业所得税法》第二十九条规定，民族自治地方的自治机关对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征。自治州、自治县决定减征或者免征的，须报省、自治区、直辖市人民政府批准。
《企业所得税法实施条例》第九十四条规定，企业所得税法第二十九条所称民族自治地方，是指按照《中华人民共和国民族区域自治法》的规定，实行民族区域自治的自治区、自治州、自治县。
对民族自治地方内国家限制和禁止行业的企业，不得减征或者免征企业所得税。
（2）西部大开发优惠政策《国家税务总局关于执行西部大开发税收优惠政策有关问题的批复》（国税函[2009]411号）明确《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号）第二条第三款规定“新办交通企业是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业”中的交通企业，是指投资于上述设施建设项目并运营该项目取得经营收入的企业。
交通运输业享受税收优惠的注意事项
对于能开具抵扣功能的运输发票企业来说，其享受税收优惠，主要要对以下方面进行规范：
一、对税收优惠要件的规范，包括对实际主营项目是否为交通运输行业，是否有交通运输工具，是否为新办等等；
二、对开具发票真实性的规范，主要集中在对真实性的检查上，即是否存在这样的客户，客户是否需要类似的服务，相关报价是否合理等等；
三、对企业是否存在避税行为的规范，是否存在利润转移，比如取得关联企业过高的付费，或者占用关联企业资源不进行付费等等。
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