2009年12月15日，国家税务总局下发了《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函发[2009]698号）文件，该文规定自2008年1月1日起，非居民企业转让中国居民企业的股权（不包括在公开的证券市场买入并卖出中国居民企业的股票）所取得的所得，将应自合同、协议约定的股权转让之日（如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日）起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关（负责该居民企业所得税征管的机关）申报缴纳企业所得税。
上述非居民企业股权转让所得是指其股权转让价减除股权成本价后的差额，其公式如下：
非居民企业股权转让所得=股权转让价-股权成本价
其中：股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
国税函[2009]698号在第三条第二款中规定，被投资企业如有未能分配的利润和税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。这与《企业所得税法》实施之前，非居民企业股权转让适用《外商投资企业和外国企业所得税法》及《国家税务总局印发的通知》（财税[1997]71号）的规定有所不同。财税[1997]71号规定，“外商投资企业和外国企业，转让其拥有的企业的股权或股份所取得的收益时，其股权转让价包含被持股企业的未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，且股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额（以不超过被持股企业账面的分属为股权转让人的实有金额为限），属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价”，该规定的主要原因是当时外商投资企业所得税法规定，外国投资者从外商投资企业取得的利润，免征所得税。而《企业所得法》实施后，上述规定已经取消。因此，非居民企业在进行股权转让时，如果被投资企业有未能分配的利润，其转让方与受让方会因对税后利润处理方式不同而产生很大纳税差异。
案例
某境外投资者A公司以美元现汇500万元 于2006年100%投资设立了一家中国居民企业B公司，投入当天人民币对美元汇率为1：7.8087，B公司账列实收资本金额为人民币3，904.35万元。2009年12月，A公司欲将其持有B公司的股权转让给香港投资者C公司，转让价款为人民币5，000万元，包含B公司未能分配的税后利润人民币1，500万元，其中：2008年以前的未分配利润1，000万元，2008年以后未分配的税后利润500万元。转让当日人民币对美元的汇率为1：6.8287. A公司在转让B公司股权时，及C公司在后期分配B公司税后利润时的企业所得税计算如下：
1、境外A公司在转让股权时的企业所得税计算
依国税函[2009]698号文第四条规定，在计算股权转让所得时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权转让价和股权转让成本价。
由于A公司首次投入资本时的币种为美元，则上述股权转让价和股权成本价均以美元计算。股权转让当日的美元兑人民币汇率为1：6.8287，则其股权转让价人民币5，000万元应依美元兑人民币汇率1：6.8287折算为732.20万美元，股权转让成本500万美元。
A公司股权转让所得=732.20万美元-500万美元=232.20万美元
股权转让所得税=232.20万美元×10%×6.8287=158.56万元人民币。
2、香港C公司受让股权后，取得受让前税后利润分配的企业所得税计算
依财政部、国家税务总局《关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）第四条规定，2008年1月1日之前，外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税；2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税。则C公司在受让股权后分配B公司2008年以前的未分配利润仍然免征企业所得税，但分配2008年以后的未分配利润应缴纳企业所得税。
C公司应缴企业所得税=1，000×0%+500×10%=50（万元）。
3、上述两项所得使A公司和C公司共应缴纳企业所得税158.56+50=208.56（万元）。
筹划
上述案例中，假如A公司在股权转让前先把被投资企业B公司的未分配利润进行分配再转让，则A、C两公司各自纳税情况将完全不同。
如上例，某境外A公司在股权转让前先将B公司的税后利润分配，再以3，500万元人民币的价款转让给香港C公司。
1、境外A公司取得B公司税后利润分配的所得税计算A公司在分配B公司2008年以前的未分配利润时免征企业所得税，分配2008年以后的未分配利润将缴纳企业所得税。
A公司应缴企业所得税=1，000×0%+500×10%=50（万元）。
2、境外A公司转让股权时的企业所得税计算
由于A公司首次投入资本时的币种为美元，则股权转让价和股权成本价均以美元计算。股权转让当日美元兑人民币汇率1：6.8287.股权转让价3，500万人民币依6.8287的汇率折算为512.54万美元，股权转让成本500万美元。
A公司股权转让所得=512.54万美元-500万美元=12.54万美元
股权转让所得税=12.54万美元×10%×6.8287=8.56万元人民币
3、实行先分配后转让后，只有A公司应缴纳企业所得税50+8.56=58.56（万元），香港C公司则由于股权转让价中未包含有未能分配的利润，不存在受让后因分配受让前产生的未分配利润而缴企业所得税的可能。
分析
综上所述，非居民企业转让居民企业的股权时，如被投资企业账上存在有税后未能分配的利润时，先分配再转让将对转让双方有利。从上述案例可知，境外A公司股权转让前如将B公司的税后利润先分配再转让比直接转让将少缴企业所得税100万元（158.56-58.56），香港C公司也因此将少缴企业所得税50万元。可见国税函[2009]698号的下发，将会直接影响到非居民企业未来股权转让策略的选择。
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