2008年实施的《中华人民共和国企业所得税法》规定了法人汇总纳税制度，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
企业总机构通过汇总纳税，将各分公司中盈利企业的利润与亏损企业的损失相抵扣纳税，这对于像我国实行比例税率的国家来说，可以减少企业的纳税负担，是一个国家为了鼓励企业规模经营、提高整体竞争力而采取的措施。但由于实行了总分机构汇总纳税，会导致纳税地点的变化，可能会带来部分地区税源转移问题，对税源移出地的财政会有一定影响。为了保证新法顺利实施，妥善处理地区间利益分配，做好跨省市机构企业所得税收入的征缴和分配管理工作，2008年1月15日，财政部、国家税务总局、人民银行三部门制定了《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号）。在该规定中提出对跨省市总分机构企业所得税收入的征缴和分配管理，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法。并规定了税款分配比例。即：总分机构统一计算的当期应纳税额的地方分享部分，25%由总机构所在地分享，50%由各分支机构所在地分享，25%按一定比例在各地间进行分配。同时也将适用范围和实行就地预缴企业给予界定。
跨省市总分机构企业是指跨省（自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格营业机构的企业。
实行就地预缴企业所得税办法的企业暂定为总机构和具有主体生产经营职能的二级分机构。三级及三级以下分支机构，其经营收入、职工工资和资产总额等统一计入二级机构测算。
该办法明确了仅对汇总纳税中跨省市生产经营的总分机构，按规定计算分摊所得税收入。而对在中国境内未跨省市设立不具有法人资格营业机构的居民企业，其企业所得税征收管理及收入分配方法，仍按原规定执行，不实行总分机构企业所得税分配及预算管理；对居民企业在中国境外设立不具有法人资格营业机构的，也不按该文件执行。
2008年3月10日，国家税务总局为加强地区汇总纳税企业所得税的征收管理，根据财预[2008]10号）制定了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）。该办法根据纳税人经营中一些实际情况进一步细化了计算和管理事项。
在近日，为贯彻落实《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例，加强跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）经营汇总纳税企业所得税征收管理，国家税务总局又下发了《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理中的若干问题通知》（国税函[2009]221号）。
时下，正值企业所得税汇算清缴工作重要阶段，总机构在首次按规定正确计算企业年度全部应纳税额和分摊跨省经营机构所得税更为关键。
在实务中，二级分支机构是汇总纳税企业所得税的一个重要主体，其存在形式也各异。由于2008年中仍有相当多的企业按规定享受着企业所得税过渡优惠政策，这就产生了总分机构所处的地区不同而导致适用不同税率的情形。
《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号）文件所称“统一计算，是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得税额、应纳税额。总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额、应纳税额，分别适用税率缴纳。”
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）第十六条规定：总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理中的若干问题通知》（国税函[2009]221号第二条规定：关于总分支机构适用不同税率时企业所得税款计算和缴纳问题按以下规定执行：
预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。
除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。
通过上述三个规定对比，国税函[2009]221号文件中，对总机构和分支机构处于不同税率地区的企业所得税分摊计算，更加规范和易操作。
现用实例说明总分机构处于不同税率地区，总机构统一计算年度企业所得税计算过程。总机构所在地为北京市，具体资料如下表：（见附件）
*9种情况计算方法：内设以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，且营业收入、工资、资产与总机构管理职能部门分开核算，并能提供有效证据证明。（称之“视同分公司）
1.总机构计算各机构应纳税所得额：
300+300+50+200=850万元
2.计算分配比例：
视同分公司：1000/6300×0.35+180/950
×0.35+5000/20000×0.3=0.1969
上海分公司：6300/1500×。035+350/950
×0.35+4500/20000×0.3=0.2798
天津公公司：800/6300×。035+100/950×。35+2500/20000×0.30=0.1187
沈阳分公司：3000/6300×0.35+320/950
×。35+8000/20000×0.30=0.4046
3.分摊应纳税所得额：
视同分公司：850×0.1969=167.365
上海分公司：850×0.2798=237.83
天津分公司：850×0.1187=100.895
沈阳分公司：850×0.4046=343.91
4.计算各分支机构应纳所得税额：
视同分公司：167.365×25%=41.84125
上海分公司：237.83×18%=42.8094
天津分公司：100.895×15%=15.13425
沈阳分公司：343.91×25%=85.9775
5.计算总分机构应纳所得税：
41.84125+42.8094+15.13425+85.9775=185.7624
6.计算总机构应分摊税额：
185.7624×50%=92.8812
计算各分支机构应分摊所得税额
视同分公司：92.8812×0.1969=18.2883
上海分公司：92.8812×0.2798=25.98815
天津分公司：92.8812×。01187=7.567125
沈阳分公司：92.8812×0.4046=37.57975
第二种计算方法：内设以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，且营业收入、工资、资产与总机构管理职能部门不能分开核算，也不能提供有效证据证明。该机构税款的计算及缴纳应根据《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）的相关规定。”
仍以上述资料为例
1.总机构计算各机构应纳税所得额：
300+50+200=550万元
2.计算分配比例
上海分公司：1500/5300×0.35+350/770
×0.35+4500/15000×0.3=0.3482
天津分公司：800/5300×0.35+100/770×0.35+2500/15000×0.3=0.1482
沈阳分公司：3000/5300×0.35+320/770
×0.35+8000/15000×0.3=0.5036
3.分摊应纳税所得额
上海分公司：550×0.3482=191.51
天津分公司：550×0.1482=81.51
沈阳分公司：550×0.5036=276.98
4.计算各分支机构应纳所得税额
上海分公司：191.51×18%=34.4718
天津分公司：181.51×15%=12.2265
沈阳分公司：276.98×25%=69.245
5.计算总分机构应纳所得税：
34.4718+12.2265+69.245=115.9433
6.计算总机构应分摊税额
115.9433×50%=57.97165
7.计算各分支机构应分摊所得税额
上海分公司：57.97165×0.3482=20.18573
天津分公司：57.97165×0.1482=8.59140
沈阳分公司：57.97165×0.5036=29.19452
汇缴时，还应注意计算年度应纳所得税额的注意事项：
1.三因素即收入、工资、资产应按税款所属年度数据确定，与计算所得税预缴时使用数据时期不同；
2.计算出的应补（退）税款，要根据财税[2008]28号文件第二十二条总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
3.总分机构适用不同税率的计算方法，只限《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）文件规定中可以享受过渡优惠的纳税人。
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